Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,746,485	T→G	noncoding (51/77 nt)	valV →	tRNA‑Val

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,746,485	0	T	G	94.1%	51.8 / ‑3.9	17	noncoding (51/77 nt)	valV	tRNA‑Val
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (1/0);  new base G (5/11);  total (6/11)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT  >  NC_000913/1746354‑1746536                                                                                                                                    |                                                    tAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCCCCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGa                                             <  2:693658/140‑1 (MQ=255) tAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGa                                             <  1:891948/140‑1 (MQ=255) tAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGa                                             <  2:972187/140‑1 (MQ=255) tAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGa                                             <  2:243130/140‑1 (MQ=255)  aGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAg                                            <  1:1257622/140‑1 (MQ=255)   gcgcAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGt                                           >  1:917602/1‑140 (MQ=255)     gcAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTcc                                         >  2:900913/1‑140 (MQ=255)         aaaaTTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGTCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCactc                                     >  1:134332/1‑137 (MQ=255)         aaaaTTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCactc                                     >  1:537135/1‑137 (MQ=255)            aTTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCactcgga                                  <  1:1407642/140‑7 (MQ=255)                cGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCa                              <  1:1136932/140‑1 (MQ=255)                     tGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCaga                         <  1:299345/140‑3 (MQ=21)                     tGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCaga                         <  1:610824/140‑3 (MQ=21)                     tGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCaga                         <  1:713265/140‑3 (MQ=21)                     tGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCaga                         <  2:537135/140‑3 (MQ=21)                     tGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACAT‑GTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCagat                        >  2:645273/1‑137 (MQ=21)                                            tGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGtt  >  2:49203/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                    |                                                    TAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT  >  NC_000913/1746354‑1746536

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑