Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,429,984 | 0 | T | G | 25.9% | 323.3 / 68.3 | 166 | L41V (TTG→GTG) | cycA | serine/alanine/glycine/cycloserine:H(+)symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/112); new base G (43/0); total (54/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-30 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GGTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCTTT > NC_000913/4429845‑4430123 | ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCGGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 2:88618/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 2:1684452/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 1:2387057/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 1:2858521/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 1:688956/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 1:1960837/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 2:3048411/140‑1 (MQ=255) tACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGGACGGGggtg > 1:328570/1‑140 (MQ=255) aGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGttt > 1:1187465/1‑140 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTAt < 2:2418232/140‑1 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGGAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGCGGCATT‑TGTACGGGGTTGttttt > 2:2294716/1‑138 (MQ=255) agaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt > 1:1415852/1‑131 (MQ=255) agaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 2:1415852/131‑1 (MQ=255) agaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCAACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATgg > 2:1786710/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGgt < 1:1310090/129‑1 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATgggg > 2:2708404/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGGTGTTTATgggg > 1:1130565/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGGACAGGGGTGGTTATgggg > 2:380121/1‑140 (MQ=255) aaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGt > 2:135742/1‑140 (MQ=255) aaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTc < 1:2708404/140‑1 (MQ=255) aTGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGTGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCaa < 1:1875269/140‑1 (MQ=255) aTGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCaa < 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gATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGGTGTTTTTGGGGGCTGGCAAAACGAt > 2:231933/1‑140 (MQ=255) aTCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGAtt > 1:878071/1‑140 (MQ=255) gTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGGCCTT‑GGGACGGGGGTGTTTTTTGGGGCTGGCAAAAAGATTAGccc > 2:681904/1‑139 (MQ=255) gTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCt > 2:2276815/1‑140 (MQ=255) ttGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑TGTACGGGGGTGTTTTTGGGGTCTGGCAAAAAGATTAGCCTTGCCGGGCCg > 2:115025/1‑140 (MQ=255) ttGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCg < 1:834880/140‑1 (MQ=255) ttGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCg > 2:1052145/1‑140 (MQ=255) ttGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCg < 2:2963946/140‑1 (MQ=255) ttGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGGGCCACT‑GGTAGGGGGTTGTTTTTGGGGTGTGGCAAAACGGTTAGCCCTTCCGGGGCg > 2:970088/1‑140 (MQ=255) gCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTc < 1:2198650/140‑1 (MQ=255) gatCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCAt < 1:3105694/140‑1 (MQ=255) atCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCAtt < 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2:2550901/140‑1 (MQ=255) tatTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCaa < 2:536143/140‑1 (MQ=255) cTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGGACGGGGGTGTTTTTGGGGTTTGGGAAAAAGATTAGCCTTGCCGGG‑CGGCGGTTATTTTTGTTTTTATGGTTAATTGTTTTTTGCTCTTTTTTTTGGTGGGGGGTATgggggga > 2:1875651/1‑138 (MQ=255) cTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGGACGGGGGTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGa > 1:451922/1‑140 (MQ=255) ttATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGGTGTTTTTGGGGTCTTGCAAAAAGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGGTCATTTTTGTTTATATGATCATTGGTTTTTTTCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATgggggga > 2:974807/1‑138 (MQ=255) aTTGCCATTGGCGGCGCCATT‑GGCGCGGGGTTGTTTATGGGGTTTCGGAAAACGATTAGCCCTTGCGGGGCGTCGATCATTTTCGTTTATTTGGTCATTGGGTTTATGCTCTTTTTCGCGAGGCGGGGAAAgggggctgt > 2:1239195/1‑136 (MQ=255) 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2:1100434/1‑140 (MQ=255) tGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCttt < 1:2329974/140‑1 (MQ=255) cGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGa < 2:2792142/140‑1 (MQ=255) cGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGa < 2:912102/140‑1 (MQ=255) cGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGa < 1:523624/140‑1 (MQ=255) gTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAAt < 1:574832/140‑1 (MQ=255) gTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAAt < 1:1625511/140‑1 (MQ=255) tGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATc < 2:2264060/140‑1 (MQ=255) ccATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTg < 1:2821713/140‑1 (MQ=255) aCGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACaa < 1:3359760/140‑1 (MQ=255) aCGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACaa < 2:451922/140‑1 (MQ=255) ttgttTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGACCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCttt > 2:863075/1‑140 (MQ=255) | GGTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGCCATT‑GGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCTTT > NC_000913/4429845‑4430123 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |