| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 2,808,750 | Δ9 bp | pseudogene (435‑443/1178 nt) | ygaY → | putative transporter YgaY, N‑terminal fragment |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2808749 | 2 (0.030) | 66 (0.860) | 48/276 | 0.3 | 97.8% | pseudogene (434/1178 nt) | ygaY | putative transporter YgaY, N‑terminal fragment |
| ? | NC_000913 | 2808759 = | 1 (0.010) | pseudogene (444/1178 nt) | ygaY | putative transporter YgaY, N‑terminal fragment | |||||
TACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTAC > NC_000913/2808623‑2808896 | gatcctcggtacggcattaaccggtttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGa < 1:73000‑M2/4‑1 (MQ=255) cggcattaaccggtttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGa > 2:34044‑M2/126‑140 (MQ=255) cattaaccggtttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTg > 1:1081915‑M2/123‑140 (MQ=255) aaccggtttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTgg < 1:1159822‑M2/22‑1 (MQ=255) accggtttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGc > 1:226789‑M2/118‑140 (MQ=255) tttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAAtc > 1:906908‑M2/113‑140 (MQ=255) tttattctcagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAAtc > 1:23535‑M2/113‑140 (MQ=255) tattctcagtagtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAAtctc > 2:1034587‑M2/111‑140 (MQ=255) cagtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCggcggc < 2:491196‑M2/36‑1 (MQ=255) agtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCt > 2:310002‑M2/104‑140 (MQ=255) gtcgtggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTg > 2:744716‑M2/103‑140 (MQ=255) tggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCt > 1:159704‑M2/99‑135 (MQ=255) tggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCt < 2:159704‑M2/37‑1 (MQ=255) tggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGgcgc > 1:937081‑M2/99‑140 (MQ=255) tggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGgcgc > 1:284832‑M2/99‑140 (MQ=255) ggcacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCa < 2:915642‑M2/43‑1 (MQ=255) cacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCAcc < 2:390196‑M2/45‑1 (MQ=255) cacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCAcc < 1:83366‑M2/45‑1 (MQ=255) cacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCAcc < 1:744716‑M2/45‑1 (MQ=255) cacaaattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCAcc < 2:937081‑M2/45‑1 (MQ=255) aattctggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCt > 2:815557‑M2/92‑140 (MQ=255) tggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTgg > 2:114026‑M2/87‑140 (MQ=255) ggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTggg < 2:226789‑M2/55‑1 (MQ=255) ggttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTggg < 1:815557‑M2/55‑1 (MQ=255) gttccgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGt < 2:1081915‑M2/56‑1 (MQ=255) cgctggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCt > 2:804925‑M2/81‑140 (MQ=255) tggcagcgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCg < 1:34044‑M2/63‑1 (MQ=255) cGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCg < 2:958937/140‑1 (MQ=255) cgacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTa < 2:1184821‑M2/69‑1 (MQ=255) gacgctggcttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTaa < 1:114026‑M2/70‑1 (MQ=255) ttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGa < 2:284832‑M2/79‑1 (MQ=255) ttcaccggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGa > 2:1064035‑M2/62‑140 (MQ=255) accggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATgg > 1:317683‑M2/59‑140 (MQ=255) ggataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGgcgc < 2:317683‑M2/85‑1 (MQ=255) ataaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTg < 1:434955‑M2/87‑1 (MQ=255) taaacgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTgg < 1:195866‑M2/88‑1 (MQ=255) cgcggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCAtt > 1:968428‑M2/49‑140 (MQ=255) cggcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGCTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTAt > 2:346307‑M2/47‑140 (MQ=255) gcaaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATgg > 2:627531‑M2/45‑140 (MQ=255) aaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCg < 1:310002‑M2/98‑1 (MQ=255) aaagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCg < 2:489703‑M2/98‑1 (MQ=255) aagtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGt < 1:1306796‑M2/99‑1 (MQ=255) gtggttggcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTgg > 1:112908‑M2/40‑140 (MQ=255) gcactattatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCca < 2:906908‑M2/108‑1 (MQ=255) ttatgagcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATg > 1:99291‑M2/27‑140 (MQ=255) agcggtctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATc > 1:247065‑M2/22‑140 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATg < 2:214718‑M2/114‑1 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATg > 1:214718‑M2/17‑130 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa > 1:864829‑M2/17‑140 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa < 2:682946‑M2/124‑1 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa > 1:801122‑M2/17‑140 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa > 2:594120‑M2/17‑140 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa < 1:804925‑M2/124‑1 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa > 2:376522‑M2/17‑140 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGaaa > 1:1199528‑M2/17‑140 (MQ=255) tctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGCTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATCGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGtaa > 1:1231191‑M2/17‑140 (MQ=255) ctgctgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAAc > 2:336785‑M2/16‑140 (MQ=255) tgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCAc < 2:495556‑M2/129‑1 (MQ=255) tgttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCAc < 2:247065‑M2/129‑1 (MQ=255) ttggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATTAAATCAGAAACCCACCt < 2:1110763‑M2/131‑1 (MQ=255) ggggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTACCAAAAATGAAATCAGAAACCCACCTCa < 2:968428‑M2/133‑1 (MQ=255) gggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCaa < 1:594120‑M2/134‑1 (MQ=255) gggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCaa > 2:1266580‑M2/7‑140 (MQ=255) gggatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTCGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGACGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCaa > 2:193556‑M2/7‑140 (MQ=255) gatcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACt > 2:659465‑M2/5‑140 (MQ=255) tcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTAc > 1:458876‑M2/3‑140 (MQ=255) tcCGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTAc > 2:300297‑M2/3‑140 (MQ=255) | TACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTAC > NC_000913/2808623‑2808896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |