| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1979632 | 111 (1.280) | 4 (0.050) | 4/268 | 8.0 | 3.5% | intergenic (‑417/‑121) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | 1979637 = | 111 (1.320) | intergenic (‑422/‑116) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCT > NC_000913/1979501‑1979772 | gaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCtt < 1:664048/140‑1 (MQ=255) agGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAc > 1:786709/1‑140 (MQ=255) ggCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACt < 2:192361/140‑1 (MQ=255) ggCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACt < 1:1048580/140‑1 (MQ=255) caacaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTG‑‑‑‑ATTATCTTTACTaataat < 2:787586/140‑1 (MQ=255) aacaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACtaat > 2:1402843/1‑140 (MQ=255) caaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACtaataa < 1:902188/140‑1 (MQ=255) aaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTaataat < 2:129800/140‑1 (MQ=255) aaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTaataat < 1:1346933/140‑1 (MQ=255) aaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTaataat < 2:734005/140‑1 (MQ=255) aaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTaataat < 1:568186/140‑1 (MQ=255) aaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTaataat < 2:495420/140‑1 (MQ=255) cAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAg < 2:371496/140‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATTAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc < 2:354323/140‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc < 2:580012/140‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc < 2:1391504/140‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc < 2:1270137/140‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc < 2:121755/140‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc > 1:1356112/1‑140 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGAc < 2:17762/140‑1 (MQ=255) aatgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAat > 1:1333292/1‑140 (MQ=255) atgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAata > 2:33605/1‑140 (MQ=255) tgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAatat > 2:1425805/1‑140 (MQ=255) atgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTAcc > 1:236196/1‑140 (MQ=255) aTGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGttt > 2:742323/1‑140 (MQ=255) aTGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTG‑‑‑‑ATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGAcc > 2:1058561/1‑140 (MQ=255) gTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGa > 2:747779/1‑140 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1:691291/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcg > 1:234596/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 2:456096/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 2:881391/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 1:92582/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 1:1229553/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 2:362261/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 1:1298679/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 1:162667/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 2:677266/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt > 2:1278378/1‑140 (MQ=255) tGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGtt < 1:413551/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tatGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCGCCTGAAGTTCACAGAATAAGGAAc < 2:1356112/140‑1 (MQ=255) tatGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAAc > 1:418362/1‑140 (MQ=255) tCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGtt > 1:786696/1‑140 (MQ=255) cACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTa < 2:234596/140‑1 (MQ=255) cACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTa < 2:92582/140‑1 (MQ=255) cACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTa < 1:1386964/140‑1 (MQ=255) cACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTa < 1:210847/140‑1 (MQ=255) cGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGa > 1:643497/1‑140 (MQ=255) gggAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAg < 2:200502/140‑1 (MQ=255) ggAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGc > 2:269689/1‑140 (MQ=255) ggAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATA‑TTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCt < 1:455743/140‑1 (MQ=255) gAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCt > 1:1087023/1‑140 (MQ=255) aGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCta < 1:33605/140‑1 (MQ=255) aGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCta < 1:54787/140‑1 (MQ=255) aGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCta < 2:467578/140‑1 (MQ=255) aGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCta < 1:1203852/140‑1 (MQ=255) aGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCta < 2:1416241/140‑1 (MQ=255) gTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCtat < 2:418362/140‑1 (MQ=255) gTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCtat < 2:894831/140‑1 (MQ=255) ttaattaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAatat > 2:1173260/1‑140 (MQ=255) attaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCt > 2:1085335/1‑140 (MQ=255) | GAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCT > NC_000913/1979501‑1979772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |