| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,404,587 | A→T | D9E (GAT→GAA) | nuoB ← | NADH:quinone oxidoreductase subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,404,587 | 0 | A | T | 93.3% | 40.3 / ‑3.7 | 15 | D9E (GAT→GAA) | nuoB | NADH:quinone oxidoreductase subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (8/6); total (8/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGATCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCGGGTTCATACGCTCGCGGCGTGAACGCGCGGGCGTCCAGTCCAGCGCGC > NC_000913/2404454‑2404711 | ttGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATg < 2:470810/140‑1 (MQ=255) gAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCg < 2:156724/140‑1 (MQ=255) tttttACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGt > 1:707938/1‑140 (MQ=255) tttttACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCACCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGt < 1:668183/140‑1 (MQ=255) aCCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCtt < 2:707938/140‑1 (MQ=255) cTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGtt > 1:171466/1‑140 (MQ=255) cacGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGAt > 1:389304/1‑140 (MQ=255) cacGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGAGCTCCTGCTTTTGCAGGGGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGATCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTGAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACg < 2:126457/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTa > 1:141248/1‑140 (MQ=255) tttGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGa < 2:141248/140‑1 (MQ=255) tCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCgg > 1:288442/1‑131 (MQ=255) tCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCgg < 2:288442/131‑1 (MQ=255) ccTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCGGGTTCATACGCTCGCGGCGTGaa > 1:682195/1‑140 (MQ=255) gTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCGGGTTCATACGCTCGCGGCGTGAACGCGCGGGCGTCCAGTCCAgcgcgc > 2:248125/1‑140 (MQ=255) gTTCTCACCGTTGGGTTCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCGGGTTCATACGCTCGCGGCGTGAACGCGCGGGCGTCCAGTCCAgcgcgc > 2:326442/1‑140 (MQ=255) | TTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCA‑‑GGGGGTAACGGTCGTTCTCACCGTTGGGATCTATGCGGGTGAGCGTATAATCCATCTTAATGCCTCGCGGTTAGCGTTGACGATTAGCGATACTGTTCGTTTCCGGGTTCATACGCTCGCGGCGTGAACGCGCGGGCGTCCAGTCCAGCGCGC > NC_000913/2404454‑2404711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |