| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 1638195 | 1250 (31.200) | 3 (0.080) | 3/270 | 2.9 | 0.25% | coding (59/66 nt) | ynfR | Qin prophage; protein YnfR |
| ? | NC_000913 | 1638199 = | 1195 (30.490) | coding (55/66 nt) | ynfR | Qin prophage; protein YnfR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1343 total aligned reads displayed.
CCCTGCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAATCATCATTGATTTA > NC_000913/1638056‑1638334 | cccTGCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTA > 1:442099‑M1/1‑140 (MQ=255) ccTGCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtag < 2:288001/140‑1 (MQ=255) gCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAt > 2:126997/1‑140 (MQ=255) gCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAt > 1:320375/1‑140 (MQ=255) gCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTA < 1:653950‑M1/136‑1 (MQ=255) cGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtg < 2:175009/140‑1 (MQ=255) ggCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt > 1:564765/1‑140 (MQ=255) tACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTAt < 1:120013/140‑1 (MQ=255) tACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTAt < 1:516782/140‑1 (MQ=255) cAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATcc < 2:348405/140‑1 (MQ=255) aGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCa < 2:413850/140‑1 (MQ=255) tAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCAt < 2:401566/139‑1 (MQ=255) tAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATc > 2:455355/1‑140 (MQ=255) ggTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCAt > 1:155607/1‑136 (MQ=255) ggTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGaa > 1:533462/1‑140 (MQ=255) ggTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGaa > 1:167743/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gtTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATcc > 2:110274/1‑129 (MQ=255) gtTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATcc < 1:110274/129‑1 (MQ=255) ttttttCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGaca < 2:311589/140‑1 (MQ=255) ttttttCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGaca > 2:605549/1‑140 (MQ=255) tCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAg > 1:466606/1‑140 (MQ=255) tttGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCaaaaa < 2:562907/140‑1 (MQ=255) 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cTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAata > 1:270200/1‑140 (MQ=255) tATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCAtt < 1:255232/123‑1 (MQ=255) tATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAatat > 2:35959/1‑140 (MQ=255) tGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAAtatta > 1:342625/1‑140 (MQ=255) aTTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATc < 2:429351/140‑1 (MQ=255) aTTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATc < 1:55186/140‑1 (MQ=255) aTTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATc < 1:635563/140‑1 (MQ=255) ttttttCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCaa < 2:33763/140‑1 (MQ=255) ttttCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAAt < 1:592895/140‑1 (MQ=255) tttCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTAAAATATTATCAAATg < 2:527421/140‑1 (MQ=255) tCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTa < 2:502350/140‑1 (MQ=255) atgatgTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAat < 2:321757/140‑1 (MQ=255) atgatgTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAat < 1:80719/140‑1 (MQ=255) atgatgTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAat < 1:62039/140‑1 (MQ=255) atgTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAatcat < 2:648834/140‑1 (MQ=255) gTAtgtgagtatccatcgaatagacaccaagcaaaaaagctcccgaaggagccttcattttcacttttttaaatccaacgacagacggctggcatttaagtattgtgaaatattatcaaatgtaatcatcattgatttac < 1:329868‑M1/140‑138 (MQ=255) gTAtgtgagtatccatcgaatagacaccaagcaaaaaagctcccgaaggagccttcattttcacttttttaaatccaacgacagacggctggcatttaagtattgtgaaatattatcaaatgtaatcatcattgatttac > 1:379898‑M1/1‑3 (MQ=255) tAtgtgagtatccatcgaatagacaccaagcaaaaaagctcccgaaggagccttcattttcacttttttaaatccaacgacagacggctggcatttaagtattgtgaaatattatcaaatgtaatcatcattgatttaca > 2:544278‑M1/1‑2 (MQ=255) | CCCTGCGGCCATTACAGTAAGGTGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAATCATCATTGATTTA > NC_000913/1638056‑1638334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |