Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,600,426 | C→T | A272A (GCG→GCA) | lsrR ← | DNA‑binding transcriptional repressor LsrR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,600,426 | 0 | C | T | 99.9% | 3338.0 / NA | 929 | A272A (GCG→GCA) | lsrR | DNA‑binding transcriptional repressor LsrR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (443/485); total (444/485) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 938 total aligned reads displayed.
ACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGCGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTGGCTGA > NC_000913/1600291‑1600562 | cTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCt < 2:555211/140‑1 (MQ=255) cGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTaa > 1:14267/1‑140 (MQ=255) aaaTCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGt < 2:513372/140‑1 (MQ=255) aaaTCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGt < 1:2611/140‑1 (MQ=255) ccgcTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGTACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCa > 1:397360/1‑140 (MQ=255) ctgctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATc < 1:130369/140‑1 (MQ=255) ctgctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATc < 1:173636/140‑1 (MQ=255) ctgctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATc < 2:627570/140‑1 (MQ=255) tgctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCa < 1:433802/140‑1 (MQ=255) ctgTGTCTTGAGCGGTACCCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGt < 2:155223/140‑1 (MQ=255) ctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGt < 2:588666/140‑1 (MQ=255) ctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGt < 1:496739/140‑1 (MQ=255) ctgTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGt < 1:521655/140‑1 (MQ=255) tGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGtt < 2:490687/137‑1 (MQ=255) tGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGtt > 1:490687/1‑137 (MQ=255) aTCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTa > 2:402741/1‑140 (MQ=255) aTCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTa > 2:465314/1‑140 (MQ=255) aTCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTa > 2:144627/1‑140 (MQ=255) aTCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTa > 2:109462/1‑140 (MQ=255) gTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAAt > 2:442396/1‑122 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACTGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg < 2:257156/140‑1 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGtt < 2:535780/130‑1 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTAt > 1:220019/1‑132 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg > 2:243669/1‑140 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg < 2:455191/140‑1 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg > 1:630793/1‑140 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg > 2:310901/1‑140 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg < 2:86299/140‑1 (MQ=255) tAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg < 2:57962/140‑1 (MQ=255) aCCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGat > 1:331466/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGata < 2:347975/140‑1 (MQ=255) cAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGatat < 2:566063/140‑1 (MQ=255) ggtggtttGATTTAACCGCCTTTCATTGCAGCGGGAATTGCTTCGTCTTTATTTTCTCCCCCGGCCACGCCATCCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATAtt < 2:167956/134‑1 (MQ=255) tGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTTAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCg > 1:530128/1‑140 (MQ=255) tGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCg > 1:37882/1‑140 (MQ=255) tGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCg > 2:212677/1‑140 (MQ=255) tGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCg > 1:362358/1‑140 (MQ=255) tGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCg > 1:466640/1‑140 (MQ=255) gCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGt > 2:284133/1‑140 (MQ=255) cGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTg > 1:606818/1‑140 (MQ=255) gTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGa < 2:7553/140‑1 (MQ=255) atatAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTg > 1:59646/1‑126 (MQ=255) atatAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAAc > 2:527270/1‑140 (MQ=255) atatAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAAc > 1:120416/1‑140 (MQ=255) taACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTc < 1:571156/140‑1 (MQ=255) gCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCtt < 2:337183/140‑1 (MQ=255) cTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCtttt > 1:343299/1‑140 (MQ=255) cTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCtttt > 2:654322/1‑140 (MQ=255) cTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCtttt > 2:36785/1‑140 (MQ=255) cTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCtttt > 2:397547/1‑140 (MQ=255) cTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGCCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCtttt > 1:421830/1‑140 (MQ=255) tCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCa > 2:501862/1‑140 (MQ=255) cGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAg < 1:541472/140‑1 (MQ=255) ttCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTaaaa > 2:204957/1‑140 (MQ=255) gCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAg > 2:610678/1‑126 (MQ=255) gCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTc < 1:94756/140‑1 (MQ=255) cTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCg < 1:460348/140‑1 (MQ=255) aTTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCaa < 1:85696/140‑1 (MQ=255) tctcCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAGGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGc < 1:189457/140‑1 (MQ=255) tctcCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCGCCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGc < 2:434625/140‑1 (MQ=255) tcCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGccc > 1:204667/1‑140 (MQ=255) cccTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCtt > 1:514589/1‑140 (MQ=255) ccTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCttt < 1:616105/140‑1 (MQ=255) cTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCtttt > 2:599561/1‑140 (MQ=255) ccACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCgg > 2:38299/1‑140 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 1:4060/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 1:440360/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 1:354739/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 1:584486/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 1:654322/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 2:641252/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 2:228213/140‑1 (MQ=255) cACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc < 2:666769/140‑1 (MQ=255) aCGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGcc > 1:452175/1‑140 (MQ=255) cGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCa < 2:355483/140‑1 (MQ=255) ccAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAAt < 1:248897/140‑1 (MQ=255) aCCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCAt > 2:547795/1‑140 (MQ=255) aCCCGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCAt > 2:416502/1‑140 (MQ=255) cccGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCAtt > 1:165080/1‑140 (MQ=255) cccGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCAtt < 1:475890/140‑1 (MQ=255) ccGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCTTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATAAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAGCCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTa < 1:319529/140‑1 (MQ=255) ccGGACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTa < 2:130863/140‑1 (MQ=255) gACGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGc > 1:641009/1‑128 (MQ=255) aCGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTg > 1:148413/1‑140 (MQ=255) aCGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTg > 2:320436/1‑140 (MQ=255) aCGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGCATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTg > 1:315974/1‑140 (MQ=255) cGGGTATGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGt < 1:306833/140‑1 (MQ=255) aTGGTTTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAGAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGcc < 2:331466/140‑1 (MQ=255) aTGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGcc < 1:559643/140‑1 (MQ=255) aTGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGcc < 1:111350/140‑1 (MQ=255) aTGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGcc < 2:190034/140‑1 (MQ=255) aTGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGcc < 1:68034/140‑1 (MQ=255) tGGTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGccc < 1:100528/140‑1 (MQ=255) gTCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTg < 1:74327/140‑1 (MQ=255) tCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTgg < 2:301260/140‑1 (MQ=255) tCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTgg < 2:120289/140‑1 (MQ=255) tCTTCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTgg < 1:27604/140‑1 (MQ=255) ttCAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTCTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTGGCt > 1:231848/1‑140 (MQ=255) cAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGcc < 2:476977/132‑1 (MQ=255) cAGTGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTGGCTGa < 1:286823/140‑1 (MQ=255) | ACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCAGCGCGCTTAAAGGTAAGCCAATCAGTTCGTTATGTATTTTGATATTCGTGACAACGTCACCTTTTGCATCAAAAAAGTAGCCTAAAATGTCGCCAACCGCCCCTTTTCGGCCAATCATTAACTGTTCGCCCTGGCTGA > NC_000913/1600291‑1600562 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |