Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 31.7% | 72.6 / 10.3 | 41 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/3); new base C (0/13); total (25/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAG > NC_000913/2001779‑2002051 | agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 2:1181051/1‑140 (MQ=255) agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 1:744481/1‑140 (MQ=255) agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 1:260461/1‑140 (MQ=255) agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 1:1222478/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACGGCCCTGCTTTATATGATTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGGGGGTTTTTTAATCGGACGATTGGGGGGTAAAATGGGGGTTTATTGGGGGTTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCccg < 2:958691/140‑1 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 2:725594/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 1:378986/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 1:1030990/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGGTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 1:1020951/1‑140 (MQ=255) aTAAGCAGCCCTTTTTTATAGGAGTTATGGGCGTGTTTTCCGGTTTCTGAAGGGTTTTTAATCGGACTATGAGGGGGTGAAATGAGGGGTTTTTGGGGGGTAAGGGGAAAATCCCGGGAAGAAAAAAACCCCGCCGGTgg < 2:641893/140‑1 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 2:856130/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:215728/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 2:573481/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:679950/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:11246/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCGGCCaaa > 2:413829/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:1098037/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:1193050/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:692835/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:499015/1‑140 (MQ=255) ggCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcgc < 2:1042067/140‑1 (MQ=255) cATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 1:255222/1‑140 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt < 2:396525/140‑1 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 1:178473/1‑140 (MQ=255) gggttttttACTGGGAGGATGGGTGGGTAAAAGGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGAAAATCCGAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggcg < 2:1030990/136‑1 (MQ=255) gTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGTTTATTGGGGGTTTACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 1:1181051/140‑1 (MQ=255) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg < 2:692835/140‑1 (MQ=255) taaaTCGGCCGAAGTGTGGGTGAAGTGGGGGTTTGTTGGGGGGTGAGTGTTAAATCCCAGAAAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGc < 2:658414/138‑1 (MQ=255) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:402749/140‑1 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:393137/1‑140 (MQ=255) gTGGGTGAAATGGGGGGTTATTGGGGGGTAAAAGGTAAATCCAAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:255222/140‑1 (MQ=37) ggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 2:58199/1‑140 (MQ=255) aaTGAGGGGATATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACACCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg > 2:549308/1‑140 (MQ=255) aTGGGGGTTTATTGGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc < 1:725594/140‑1 (MQ=255) aTGGGGGGTTATTGGGGGTTTACAGGTAAATTCCAGGAAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc < 2:393137/140‑1 (MQ=38) gggggTTTTTGGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaaa < 2:744481/139‑1 (MQ=38) ggggTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAt > 2:925387/1‑140 (MQ=255) gTTATTGGGGGGTTACAGATAAATTCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCa < 2:148987/140‑1 (MQ=37) gTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCaa > 2:375847/1‑140 (MQ=255) aCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:1217144/1‑140 (MQ=255) cAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa > 2:71082/1‑140 (MQ=255) cAGGAAAATCCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 2:178473/140‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:925387/140‑1 (MQ=255) aaaTCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 2:1193050/140‑1 (MQ=255) aaaTCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:910434/140‑1 (MQ=255) aTTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa > 2:26199/1‑140 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGTAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 2:780431/1‑140 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 2:729723/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag > 1:246955/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCCCCGCCGGTAGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 1:549308/140‑1 (MQ=255) | AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAG > NC_000913/2001779‑2002051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |