Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,692,869 | T→G | intergenic (‑18/+21) | uidC ← / ← uidB | outer membrane porin family protein/glucuronide:H(+) symporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,692,869 | 0 | T | G | 98.1% | 186.6 / ‑4.1 | 52 | intergenic (‑18/+21) | uidC/uidB | outer membrane porin family protein/glucuronide:H(+) symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (25/26); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
GTTTTTCAGTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGAAT > NC_000913/1692735‑1693004 | gTTTTTCAGTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGTCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGat < 2:433190/140‑1 (MQ=255) gTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTa < 1:389109/140‑1 (MQ=255) cTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTAtt < 2:1079711/140‑1 (MQ=255) cTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTAtt < 1:819038/140‑1 (MQ=255) gTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGTATattaat < 2:32209/140‑1 (MQ=255) tCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATattaatt > 1:334080/1‑140 (MQ=255) tCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATattaatt < 1:946764/140‑1 (MQ=255) ccGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAg > 2:920719/1‑140 (MQ=255) ccGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAATTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAg > 1:731246/1‑140 (MQ=255) gCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTg < 2:767083/140‑1 (MQ=255) tCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCg < 1:1018219/140‑1 (MQ=255) tCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCg > 2:697534/1‑140 (MQ=255) tCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCg > 2:954021/1‑140 (MQ=255) cAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGa < 1:73460/140‑1 (MQ=255) gCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGAtt < 1:816735/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAAt < 2:926514/140‑1 (MQ=255) cgcATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgctg < 1:920719/140‑1 (MQ=255) gcATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgctgc < 2:493672/140‑1 (MQ=255) ggTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACg > 2:566407/1‑140 (MQ=255) ggTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACg > 2:983575/1‑140 (MQ=255) gTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGa > 1:706944/1‑140 (MQ=255) gTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGa > 1:228949/1‑140 (MQ=255) aGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTa < 1:697534/140‑1 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 1:503413/1‑140 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 1:876210/1‑140 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 2:864936/1‑140 (MQ=255) agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 2:536160/1‑140 (MQ=255) gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAAcc > 2:837044/1‑140 (MQ=255) gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAAcc > 1:672700/1‑140 (MQ=255) tCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGa < 1:409963/140‑1 (MQ=255) aaCGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGaa < 2:876210/140‑1 (MQ=255) ggCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATc > 1:167382/1‑140 (MQ=255) ggCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATc > 1:683569/1‑140 (MQ=255) tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAg < 1:373629/140‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAg < 1:467491/140‑1 (MQ=255) tATTTTTCTCATAATTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAg < 2:731246/140‑1 (MQ=255) tttCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGa < 2:1061750/140‑1 (MQ=255) tttCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGa < 2:934907/140‑1 (MQ=255) tttCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGa < 1:746597/140‑1 (MQ=255) ctcATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATaa < 2:672700/140‑1 (MQ=255) ctcATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATaa < 2:334080/140‑1 (MQ=255) aTAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCACCCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAAc < 2:278150/140‑1 (MQ=255) aTAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAAc < 2:683569/140‑1 (MQ=255) aTAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAAc > 1:713727/1‑140 (MQ=255) aGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCa < 1:864936/140‑1 (MQ=255) gCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGata > 2:768682/1‑140 (MQ=255) ttGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACg > 2:760534/1‑140 (MQ=255) ttGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACg > 2:842359/1‑140 (MQ=255) tGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTTCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGa > 1:833517/1‑140 (MQ=255) gATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGaa > 2:173685/1‑140 (MQ=255) gATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGaa > 2:453828/1‑140 (MQ=255) gATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGaa > 2:581617/1‑140 (MQ=255) aTGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGAAt > 2:345628/1‑140 (MQ=255) | GTTTTTCAGTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGAAT > NC_000913/1692735‑1693004 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |