| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 98.5% | 248.6 / ‑3.3 | 68 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (47/20); total (48/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATT > NC_000913/1211941‑1212213 | tatGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑a > 2:81961/1‑140 (MQ=255) ggCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTTTTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccc > 1:665968/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccc > 1:185632/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccc > 1:424221/1‑140 (MQ=255) tGAAAAGGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cccccc > 1:516738/1‑140 (MQ=255) aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cccccccc > 2:229081/1‑140 (MQ=255) tGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAaatt > 2:1146034/1‑140 (MQ=255) tGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAaatt > 2:368787/1‑140 (MQ=255) gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAattaatta > 2:654278/1‑140 (MQ=255) aaTTACCTTGTAAATTCCTATCCCCTTAATTTTTTTTGTC‑TATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:540362/140‑1 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 2:988410/1‑140 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 1:764458/1‑140 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 1:552345/1‑140 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:1104714/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:629717/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:424221/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:738758/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:398163/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:1033702/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatga < 2:185632/140‑1 (MQ=255) tACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat > 1:702549/1‑140 (MQ=255) tACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat < 2:145824/140‑1 (MQ=255) cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 1:269739/140‑1 (MQ=255) cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 1:904799/140‑1 (MQ=255) tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtat > 2:527685/1‑140 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaata < 2:481312/140‑1 (MQ=255) tCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaataaa > 1:1157912/1‑140 (MQ=255) aCTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAtt > 2:626513/1‑140 (MQ=255) aCTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAtt < 2:480294/140‑1 (MQ=255) ttCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTa > 1:334604/1‑140 (MQ=255) aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg > 1:840915/1‑140 (MQ=255) aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg > 2:910428/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 2:704111/1‑140 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 2:339021/1‑140 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:1091536/1‑140 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:293788/1‑140 (MQ=255) cACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGAt > 2:388164/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:104502/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 2:918640/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:1168409/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:26854/1‑140 (MQ=255) ttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:139506/1‑140 (MQ=255) ttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:868804/1‑140 (MQ=255) 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tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGTATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 2:619912/1‑140 (MQ=255) tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa > 1:733511/1‑140 (MQ=255) tCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAat > 2:1018990/1‑140 (MQ=255) cTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAatt > 1:965469/1‑140 (MQ=255) cTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAatt > 1:714151/1‑140 (MQ=255) tGCATAGGAGTATATTAA‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTTATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGGGAAAGCAATAAATTATTGACtt > 2:957560/1‑140 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |