Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,429,984 | 0 | T | G | 24.5% | 206.0 / 31.1 | 98 | L41V (TTG→GTG) | cycA | serine/alanine/glycine/cycloserine:H(+)symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/59); new base G (24/0); total (39/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GGTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCT > NC_000913/4429845‑4430121 | ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGgt < 2:651424/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGgt < 1:94421/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGgt < 1:138478/140‑1 (MQ=255) ggTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGgt < 2:150096/140‑1 (MQ=255) tACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGgttg > 1:1822384/1‑140 (MQ=255) tACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGGACGGGggtg > 2:1348084/1‑140 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGTGGCCATTGG‑ACGGGGTTGttttt > 2:1957484/1‑138 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTTGTGAGGGGGTGttttt > 2:1834974/1‑138 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTTGGACGGGGGTGTTTAt > 2:1061200/1‑140 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTAt > 1:255130/1‑140 (MQ=255) gaagaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGGACGGGGGTGttttt > 1:1656164/1‑138 (MQ=255) agaaAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATgg > 2:989444/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCCTTGGTACGGGGGTGTTTTTgggg > 2:773222/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATgggg < 2:851122/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGGACGGGGGTGTTTTTgggg > 2:358067/1‑140 (MQ=255) aaaaaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGt < 2:1428164/140‑1 (MQ=255) aaaCATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGTCTg > 1:1214105/1‑140 (MQ=255) aTGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCaa < 1:1534305/140‑1 (MQ=255) aTGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCaa < 1:1106585/140‑1 (MQ=255) aTGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑ACCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCaa < 1:513928/140‑1 (MQ=255) gATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGAt < 1:381961/140‑1 (MQ=255) gATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGAt < 1:1061200/140‑1 (MQ=255) aTCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTTTGGGGGCTGGCAAAACGAtt > 1:356793/1‑140 (MQ=255) aTCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATACTCAGCTTATTGCCATTGGCGGG‑GCCATTGGTACGGGGGTGGTTATGGGGGCTGGCAAAACGAtt > 2:606248/1‑140 (MQ=255) cAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCCTTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAACGATTaa > 1:1022335/1‑139 (MQ=255) cAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGGACGGGGGTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAg > 1:671052/1‑140 (MQ=255) ggTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCCTTTGGTCGGGGGTGTTTTTGGGGGCTGGCAAAAAGATTAG‑cc > 2:916619/1‑140 (MQ=255) gTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAATAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGGGTGGCAAAACGATTAG‑ccc > 2:707094/1‑139 (MQ=255) tAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGGACGGGGGTGTTTTTGGGGTCTCGCCAAACGATTAG‑CCtt > 2:648220/1‑140 (MQ=255) aaaaGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATTGGGGCTGGGAAAAAAATTAG‑CCttt > 2:381961/1‑139 (MQ=255) aaGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTTTGGGGTCTGGCAAAAAGATTAG‑CCTTGcc > 2:1138749/1‑140 (MQ=255) aGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGGACGGGGGTGTTTTTGGGGGCTGGCAAAAAGATTAG‑CCTTGCCg > 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ttGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCg > 1:1015172/1‑140 (MQ=255) tGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGt < 2:1235129/140‑1 (MQ=255) tGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGt < 1:916619/140‑1 (MQ=255) gCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTc < 1:1355269/140‑1 (MQ=255) gatCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCAt < 2:1214105/140‑1 (MQ=255) gatCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCAt < 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tCAGCTTGTTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAAAGATTAG‑CCTTTCCGGGCCGTCGATCATTTTTGTTTTTATGATCATTGGGTTTTTGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATgg > 2:78282/1‑140 (MQ=255) cTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGa > 1:586338/1‑140 (MQ=255) ttGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATtg < 1:34496/140‑1 (MQ=255) ttGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATtg < 2:677483/140‑1 (MQ=255) tGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGGCGTCGATCATTTTTGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTTGTGATGCGGGCAATGGGGGGATtgt > 2:1307726/1‑139 (MQ=255) cATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTTGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATtgctgc > 1:1314344/1‑140 (MQ=255) ttGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGGTCATTTTCGTTTATATGATCATTGGGTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGGATTGCTGCtt > 1:2088/1‑140 (MQ=255) t‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATc < 1:1764941/140‑1 (MQ=255) tGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAAt > 1:1144278/1‑140 (MQ=255) gTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATAc < 1:1555591/140‑1 (MQ=255) aCGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACaa < 2:620367/140‑1 (MQ=255) ggggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTg > 1:906756/1‑130 (MQ=255) ggggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTg < 2:906756/130‑1 (MQ=255) ggggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAAt > 1:1692711/1‑140 (MQ=255) ggggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAAt > 2:69495/1‑140 (MQ=255) ggggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAAt < 2:213528/140‑1 (MQ=255) ggggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGAAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAAt < 2:1656164/140‑1 (MQ=255) ggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCt > 2:1428595/1‑140 (MQ=255) ggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCt > 1:473366/1‑140 (MQ=255) | GGTACAGGAAGAAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGTACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAG‑CCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATCT > NC_000913/4429845‑4430121 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |