| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,282,984 | 0 | G | T | 48.0% | 77.2 / 149.7 | 100 | T31K (ACA→AAA) | yjcF | pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/29); new base T (21/27); total (44/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCA > NC_000913/4282847‑4283121 | aTGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGtt < 1:540439/140‑1 (MQ=255) tGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGAtttttttt < 2:331748/140‑1 (MQ=255) tAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTTTTTTCt > 2:1355153/1‑140 (MQ=255) cTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTTTTTTCTTTGt < 2:1203722/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAagaaagaa < 2:805042/140‑1 (MQ=255) tGTAATTATCTGATTTTTTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGaaaa < 1:123009/140‑1 (MQ=255) aaTTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGc < 2:148357/140‑1 (MQ=255) ttATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCat < 2:603388/140‑1 (MQ=255) aTCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCatat > 2:925184/1‑140 (MQ=255) aTTTTTTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTctct > 2:195155/1‑140 (MQ=255) aTTTTTTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTctct > 1:1276018/1‑140 (MQ=255) tttGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGc > 1:252097/1‑140 (MQ=255) ttGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCa < 2:405714/140‑1 (MQ=255) | ATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCA > NC_000913/4282847‑4283121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |