Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,240,985 | 0 | T | G | 24.8% | 209.2 / 23.1 | 101 | S348A (TCT→GCT) | sstT | serine/threonine:Na(+) symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/61); new base G (25/0); total (40/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTG > NC_000913/3240846‑3241122 | gggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGt < 1:2135118/140‑1 (MQ=255) gggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGt < 1:1347359/140‑1 (MQ=255) cagcaATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTctg < 1:1026396/140‑1 (MQ=255) caATCTCTATTTCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGGTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCAACCGGCGTGGCGGGGGGGTCTctgctg < 2:1785113/140‑1 (MQ=255) cACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGa < 1:1914301/140‑1 (MQ=255) cACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGa < 2:1733537/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCa < 1:1280592/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCa < 2:1190620/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCa < 2:634808/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCACATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCa < 1:2179422/140‑1 (MQ=255) ttACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCATACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCa < 1:181969/140‑1 (MQ=255) atgccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCa < 2:1605212/137‑1 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCAc > 2:1590579/1‑140 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTTTGCTGC‑TTAAccccc > 2:2250623/1‑138 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCAc > 1:688811/1‑140 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCAc > 1:412863/1‑140 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACt < 1:293585/140‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACt < 1:1898245/140‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACt < 1:967977/140‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACt < 1:2219630/140‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACt < 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gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGc < 1:1093910/140‑1 (MQ=255) gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGc < 1:1948399/140‑1 (MQ=255) gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGc > 2:1850564/1‑140 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGcc > 2:1719951/1‑140 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGcc > 2:785604/1‑140 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGcc > 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tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAg > 1:68800/1‑140 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAg > 2:770103/1‑140 (MQ=255) gATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAggt > 1:1233760/1‑140 (MQ=255) tCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAggtgg < 2:961901/140‑1 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGcc < 1:1129822/140‑1 (MQ=255) cACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTTGCCTGTAATATGTTCGGTATTTTGAACGATATCGCCATGCCGGTGGTTGCCg > 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tggtggCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGGGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTa > 1:2164900/1‑140 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGCGTCTGCTGC‑TGCTCCCCACGGCCGGTAATATGGTCGGTATTTTGAACGGTATTGCCCTGGAGGGGGGTGGCGTCGGCTTTATTATCGGGGtg > 2:298837/1‑139 (MQ=255) ttCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAgg < 2:268313/140‑1 (MQ=255) ccTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGaa > 2:202003/1‑140 (MQ=255) gcgcATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGGTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACcgcg > 1:1009127/1‑140 (MQ=255) gcgcATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACcgcg > 1:2222636/1‑140 (MQ=255) cATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTg < 1:734876/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTg > 2:353225/1‑140 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGaa < 1:1531322/140‑1 (MQ=255) ggCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAActc < 2:54032/140‑1 (MQ=255) ggCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAActc < 2:1193224/140‑1 (MQ=255) cGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCtt > 1:1773573/1‑140 (MQ=255) cGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGGGGGTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCtt > 1:1011470/1‑140 (MQ=255) gTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTc < 2:1233760/140‑1 (MQ=255) gTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTc < 1:770103/140‑1 (MQ=255) gTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTc < 1:405506/140‑1 (MQ=255) gCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAAc > 1:727979/1‑140 (MQ=255) gCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAAc < 1:1776547/140‑1 (MQ=255) gCGGGGGGGGCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAAc > 1:1945177/1‑140 (MQ=255) gggggggTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTg < 2:1433755/140‑1 (MQ=255) gggggggTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTg < 2:480596/140‑1 (MQ=255) gggggggTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTg < 1:589178/140‑1 (MQ=255) gggggTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGAc < 1:821816/140‑1 (MQ=255) gggggTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGAc < 1:574547/140‑1 (MQ=255) | GGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTG‑TGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGC‑TGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTG > NC_000913/3240846‑3241122 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |