Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 2,969,316 | G→T | intergenic (‑339/+14) | rppH ← / ← ygdT | RNA pyrophosphohydrolase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,969,316 | 0 | G | T | 99.3% | 491.5 / ‑5.4 | 137 | intergenic (‑339/+14) | rppH/ygdT | RNA pyrophosphohydrolase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (80/56); total (81/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ACTACGGGAAAACCCGGAGCATTCTGAATAAGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGT > NC_000913/2969180‑2969451 | actacGGGAAAACCCGGAGCATTCTGAATAAGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGt < 1:1482366/140‑1 (MQ=255) ctacGGGAAAACCCGGAGCATTCTGAATAAGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGtt < 1:1494393/140‑1 (MQ=255) gggAAAACCCGGAGCATTCTGAATAAGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCg > 1:516828/1‑140 (MQ=255) gggAAAACCCGGAGCATTCTGAATAAGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCg < 2:1182379/140‑1 (MQ=255) 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2:251824/1‑140 (MQ=255) tCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGa < 1:185067/140‑1 (MQ=255) tCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGa < 2:1144283/140‑1 (MQ=255) tGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAAc < 1:1161136/140‑1 (MQ=255) tGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAAc < 2:715558/140‑1 (MQ=255) ggTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTg < 2:1259710/140‑1 (MQ=255) ggTCACACCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTg > 1:1424364/1‑140 (MQ=255) cacaCCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAg < 2:1799876/140‑1 (MQ=255) cacaCCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAg < 1:1406972/140‑1 (MQ=255) acacCTCTCATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAgg < 1:2040447/140‑1 (MQ=255) tctcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGttttt > 1:750702/1‑140 (MQ=255) tctcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGttttt < 1:1989372/140‑1 (MQ=255) ctcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTc > 1:547403/1‑140 (MQ=255) ctcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTc > 1:132732/1‑140 (MQ=255) tcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTgg < 2:626743/130‑1 (MQ=255) tcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTgg > 1:626743/1‑130 (MQ=255) tcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTca > 2:353679/1‑140 (MQ=255) tcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTca > 2:2001530/1‑140 (MQ=255) tcATTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTca > 1:170361/1‑140 (MQ=255) aTTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTcaca > 2:274807/1‑140 (MQ=255) aTTTACTGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTcaca < 2:1461747/140‑1 (MQ=255) aTTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCTTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGCGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTcaca > 2:946683/1‑140 (MQ=255) | ACTACGGGAAAACCCGGAGCATTCTGAATAAGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGT > NC_000913/2969180‑2969451 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |