New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1780767 = | 67 (0.920) | 4 (0.060) | 4/260 | 6.4 | 6.7% | coding (367/939 nt) | ydiR | putative electron transfer flavoprotein subunit YdiR |
? | NC_000913 | 1780852 = | 48 (0.710) | coding (452/939 nt) | ydiR | putative electron transfer flavoprotein subunit YdiR | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGCCACGGCGGTGGATATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGAGCAAAGCAAAA > NC_000913/1780727‑1780985 | tGCCACGGCGGGGGGTATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGGGGGGTAACGGTCCCTCCAGAAAAGATCAAAAACCCCCCGGGGGGCATTAACCCTTCA‑CCCGGGGTGCAAGAACCGTGGAccc > 2:525610/1‑139 (MQ=255) tGCCACGGCGGAGGATATTGTCGATGGTCCCATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTTGGGTTTCCTCAGGACAAGAAGAAAAGCCCGCTGGCGTTCACTTCCCTTTCA‑CACCGGGTGTAGGAACCGCGCACCa > 2:869654/1‑140 (MQ=255) gCCACGGCGGTGGATATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAg < 1:627856/140‑1 (MQ=255) ccACGGCGGTGGATATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGGTTGCGTTTGCTCAGGGAAAAATCAACAACCCGCCGGGGGTCATTACCCCTGCA‑CCCGGGGTTTAGGAACCCTGCACCAgg > 2:436515/1‑139 (MQ=255) ggcggTGGATATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACCCCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATa < 1:561832/140‑1 (MQ=255) ggATATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGGTTGCGTTTGCCCAGGGAAAGAATAAAAGCCCGCCGGGGGGCATTTCCCCTGGACCCCGGGGTTTAGG‑ACCGGGCGCCCGAGATACCtctc > 2:285346/1‑140 (MQ=255) tGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGGTAACGTTCGCTCCAGAAAAGAAAAAAAACCCGCCGGCGGTCATTTCCCCTGCA‑CCCGGGGTTCAGGAAACCTGCACCCGGGATACCTCtcatcaat > 2:381956/1‑138 (MQ=255) aTGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGCGATACCTCTCATCAGGTCCCg > 2:435747/1‑140 (MQ=255) cacaTTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGa > 2:447848/1‑140 (MQ=255) caTTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGCTCAACAGGCCGCTGGCGGTCATTCCCCTTGCA‑CCCCGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGaaa < 2:1031280/140‑1 (MQ=255) tttGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACg < 1:168335/140‑1 (MQ=255) tttGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACg < 1:418898/140‑1 (MQ=255) tttGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACg < 1:657902/140‑1 (MQ=255) tttGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACg < 2:197293/140‑1 (MQ=255) tGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCACTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGt > 1:21503/1‑140 (MQ=255) cgcCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTTGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTTCA‑CCCGGGGTTCAGGGACCGTGCACCAGTGATAACCCCCATCAGTGCCCCGCAGAAAccggac > 2:1175630/1‑135 (MQ=255) gcCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTAcc < 2:558899/140‑1 (MQ=255) gcCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTAcc < 1:1175729/140‑1 (MQ=255) gcCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTAcc > 1:1186100/1‑140 (MQ=255) cGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCATGCA‑CCCGGTGGTCAGGAACCGTGCACCCGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGc > 1:1190915/1‑140 (MQ=255) aTGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTcc < 1:1191134/140‑1 (MQ=255) aTGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTcc < 1:1217103/140‑1 (MQ=255) tATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCcgcg < 1:435747/140‑1 (MQ=255) gCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCAt > 2:881507/1‑140 (MQ=255) aaaaGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGc < 2:21503/140‑1 (MQ=255) aTCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCC‑TGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCg > 1:961827/1‑140 (MQ=255) cAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGa < 1:881507/140‑1 (MQ=255) aCAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGaaa > 1:1065966/1‑140 (MQ=255) aCAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGaaa > 2:174587/1‑140 (MQ=255) aCAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGaaa > 2:91210/1‑140 (MQ=255) cTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCCCCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAATCGGTCCCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAag < 2:598279/140‑1 (MQ=255) cTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAag < 1:285346/140‑1 (MQ=255) cTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAag < 1:525610/140‑1 (MQ=255) ggCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAagca < 1:869654/140‑1 (MQ=255) gATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCg < 1:91210/140‑1 (MQ=255) gATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCg < 1:116906/140‑1 (MQ=255) gATCATTACCCTTCCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATTCCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCg < 2:491681/140‑1 (MQ=255) aTCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGt > 2:995748/1‑140 (MQ=255) tCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTg < 1:618301/140‑1 (MQ=255) ttACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGAc < 1:447848/140‑1 (MQ=255) ttGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagc < 2:1190915/140‑1 (MQ=255) tGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATTAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagca > 1:453561/1‑140 (MQ=255) tGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagca > 2:13642/1‑140 (MQ=255) gCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagcaa > 2:513789/1‑140 (MQ=255) gCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagcaa > 1:108864/1‑140 (MQ=255) cA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCACCCAGCGTGGAGCTGagcaaa > 2:746986/1‑140 (MQ=255) cccGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagcaaagc > 2:207605/1‑140 (MQ=255) cccGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagcaaagc > 1:200986/1‑140 (MQ=255) cGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGagcaaagcaa > 1:699046/1‑140 (MQ=255) ggTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGAgcaaagcaaa > 1:498845/1‑140 (MQ=255) ggTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGAgcaaagcaaa > 2:611783/1‑140 (MQ=255) gtgtTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGAGCAAAGCaaaa < 1:889474/140‑1 (MQ=255) | TGCCACGGCGGTGGATATTGTCGATGGTCACATTTGCGCCGAACACCGGATGTATGGCGGGTTAGCGTTCGCTCAGGAAAAGATCAACAGCCCGCTGGCGATCATTACCCTTGCA‑CCCGGTGTTCAGGAACCGTGCACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAACGCCGTGCGAAAGCCGCAAGCAGCGTGGACCTGAGCAAAGCAAAA > NC_000913/1780727‑1780985 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |