| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 25.9% | 119.9 / 18.1 | 54 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/2); new base A (0/14); total (38/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCG > NC_000913/752986‑753263 | gggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCatat < 2:971928/140‑1 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaaa > 2:336489/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 2:1313365/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:52428/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAccc > 1:243843/1‑140 (MQ=255) tGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGa > 1:773389/1‑140 (MQ=255) aaGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTCTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAc > 1:618343/1‑140 (MQ=255) ttttttAATTGAAAGTTTTGGGTTGTTGATAATTTGGGCTTTTCTATTCTTTTAAAATTTTTATAGAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTTTTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCACCCCGCCATATGAAcgg < 2:645621/139‑1 (MQ=255) gTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcgg > 2:1027265/1‑140 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTtaaaa > 2:371778/1‑139 (MQ=255) aGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAata‑t > 1:907036/1‑140 (MQ=255) aTTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTa < 1:138484/140‑1 (MQ=255) tgatGATAATTTGGGTTTTTTTATTTTTTTTAAATTTCTATATAGGTTTGTTAATGGT‑TTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTa < 2:243843/137‑1 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGc > 1:212888/1‑140 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGc > 2:1190838/1‑140 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGc > 1:126063/1‑140 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGc > 1:969807/1‑140 (MQ=255) aTAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAAt > 1:68348/1‑140 (MQ=255) aaTTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCa > 2:383712/1‑140 (MQ=255) gAGCTTTTCTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTAAATTTTTTTGTGTTTAGGAATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCAt < 1:76627/140‑1 (MQ=255) gAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCAt > 1:400240/1‑140 (MQ=255) 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2:52428/137‑1 (MQ=255) ttCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTTat > 2:606459/1‑140 (MQ=255) ttttttAATTATTTATATGGTTTTGTAAATGTT‑TTTTTTTTTTAAAATTTTTTGTTTTTAGGCAAAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGatat < 2:342052/139‑1 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACGCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTTCAACCTAGCAATCAACCATTAAAGCTTGATTTctc > 2:1116179/1‑138 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATA‑TTTACAAATTATCAAACAAACATTAAAGCTTGatattcg > 2:417023/1‑137 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:931406/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:479955/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:587892/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:760379/1‑140 (MQ=255) taGGTCTTTAAATGGT‑TTTTTTTTTTACATTTTTTTTTTTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 1:336489/140‑1 (MQ=255) gTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 2:275894/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 1:397943/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGA‑TTTAATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 2:479890/1‑140 (MQ=255) cTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTc < 1:75651/140‑1 (MQ=255) tGTTAATGGC‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:679333/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGTCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGGGGGTTTTATTACTTTGTATCTTA‑TAAACAACCATTAATGCTGGAGATTGGTTTTAAAGGCGGGTTTTTCa > 2:304541/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:8156/1‑140 (MQ=255) ttAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTTACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:1222827/1‑140 (MQ=255) ttAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 1:1288517/1‑140 (MQ=255) ttAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:583083/1‑140 (MQ=255) ttAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCCTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:1252669/1‑140 (MQ=255) ttAAAGGATTTTTTTTTTTAAATTTTTTTTTTTTTAGGAAAAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 2:1121928/140‑1 (MQ=255) tAATGTT‑TTTTTTTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCatat < 2:907036/140‑1 (MQ=255) aatgttttttttttttACATTTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:397943/134‑1 (MQ=255) aatgttttttttttttAAATTTTTTTGTTTTTAGAAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:409074/134‑1 (MQ=255) gggtttttattttTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTTATATCCt < 1:1060654/136‑1 (MQ=255) ttACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTTAAATA‑TTTAAAACTTTTAAAACAACCAATAACACCTGCTATTCCTTTTACAATCGCGGTTTTCATAACCTCTATAAAACTgg > 2:506540/1‑139 (MQ=255) aaatttttttGTTTTTAGGAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGAcg < 2:773389/136‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAGGAATAAAAAAATAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCtt < 2:126063/140‑1 (MQ=255) ataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCg < 2:931406/140‑1 (MQ=255) | GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGA‑TTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATA‑TTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCG > NC_000913/752986‑753263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |