| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,651,900 | IS2 (+) +5 bp | pseudogene (389‑393/1197 nt) | intQ → | Qin prophage; putative defective integrase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | 42 (0.660) | 32/276 | 0.8 | 100% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1651900 = | 0 (0.000) | pseudogene (389/1197 nt) | intQ | Qin prophage; putative defective integrase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | 51 (0.800) | 36/278 | 0.6 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1651904 | 0 (0.000) | pseudogene (393/1197 nt) | intQ | Qin prophage; putative defective integrase | |||||
TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1469105‑1469240‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCACCGATTATG < NC_000913/1651904‑1651766 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACA > 2:640572/1‑140TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTACGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACA > 2:197515/1‑140 TACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTAC < 1:519380/140‑1 CGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCG < 2:373473/140‑1 CGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCG > 2:171943/1‑140 CGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCG < 2:391418/140‑1 TCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGAT < 2:400542/140‑1 GTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCC < 1:907312/140‑1 TTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCT < 1:793172/140‑1 TCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGG < 1:935473/140‑1 TCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGG < 2:738731/140‑1 GGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAGAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTG < 1:738167/140‑1 CTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAAC < 1:316649/140‑1 AAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTAATAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAA < 2:57157/140‑1 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGT > 2:449894/1‑140 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGT < 1:717415/140‑1 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTT > 1:20827/1‑140 CAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGTCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTG > 1:449634/1‑140 ACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATC < 1:286330/140‑1 ACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATC < 2:792893/140‑1 TAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCA < 1:143191/140‑1 AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGT < 1:399385/140‑1 AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGT < 1:230530/140‑1 AAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAA < 1:171943/140‑1 AGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAAC > 1:981898/1‑140 GACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACC < 1:995669/140‑1 TATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCC > 2:782357/1‑140 TATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCC < 1:649236/140‑1 TATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCC < 1:582350/140‑1 ATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCA > 1:30527/1‑140 TTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTT < 1:782357/140‑1 AGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTT > 1:715666/1‑140 GATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTAT > 2:887155/1‑140 GATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTAT > 2:588987/1‑140 GATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTAT > 2:978573/1‑140 GATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTAT > 2:192791/1‑140 GATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTAT > 1:70922/1‑140 ATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAA > 2:62519/1‑140 TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAG > 1:976647/1‑140 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGG > 1:875484/1‑140 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGG > 1:846440/1‑140 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAAACGATGAGG > 1:903762/1‑140 ATTCAGGGGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGAT < 2:30527/140‑1 GGGCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTC > 1:125536/1‑140 GCCAGTCTATGAAGTTAGAGCCGATCTCCGGGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGTGGATCTGTTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGATCCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCgc < 2:646652/140‑3 GCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCAC < 2:118956/140‑1 GCCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCAC < 2:846440/140‑1 CCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCACC > 2:356143/1‑140 CCAGTCTATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCACC > 2:836315/1‑140 TATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCACCGATTAT > 1:933887/1‑140 ATACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCACCGATTATG > 2:39555/1‑140 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1469105‑1469240‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACAGTTACAGCCGATCTCCCTGGTTGTGTAACAATATAGTTACTTTTGGGGATCTGGTATCCAGTCAGTAACTCTTTACGAACCTCCAGTAATTTTTCTTTATTAATCGATGAGGCAAGATTTTTTTCACCGATTATG < NC_000913/1651904‑1651766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |