| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 175,694 | 0 | T | G | 23.9% | 194.3 / 16.0 | 94 | G196G (GGT→GGG) | clcA | chloride:H(+) antiporter ClcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/53); new base G (22/0); total (41/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGTTGATTGACGTCGGT > NC_000913/175558‑175832 | ccGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTAtt < 2:1082295/140‑1 (MQ=255)ccGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTAtt < 2:697094/140‑1 (MQ=255) cGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTAttt < 2:1387105/140‑1 (MQ=255) cGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTAttt < 2:255031/140‑1 (MQ=255) gCAGATCGGCGGTAACATTTGCCGTATGGTGCTTGATATTTTTCGCCTGAAAGGGGACGAAGCTCGCCCTACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGGtttttt > 2:1145473/1‑138 (MQ=255) gCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGGGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGAtttttt > 1:1445478/1‑138 (MQ=255) cAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTTCCCCTTAAAGGGGGCGAAACTCGCCATACGCTTCTGGCAAACGGGGCCGCTGCGGGGGTGGCTGCGGCCCTTTAAC‑CGCCGCTGGCGGGGGATTTTGt > 2:225097/1‑140 (MQ=255) cggcggTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTttatta < 2:1415588/140‑1 (MQ=255) cggcggTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGCttatta < 1:833941/140‑1 (MQ=255) cggTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGATtttttttttttttg > 1:409824/1‑136 (MQ=255) cggTAACATTGGCCGTATGGGGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGGGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGATtttttttttttttg > 1:1506091/1‑136 (MQ=255) aaCATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAaga < 2:1415432/140‑1 (MQ=255) ggCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGATTTTTTTTATTTTCGGAGAGATggg > 2:43736/1‑138 (MQ=255) ggCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGATTTTTTTTATTATCGAAGAGATGCg > 1:597288/1‑140 (MQ=255) gCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGACGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGCATTTTGTTTATTTTAGAAAAGATGCGt > 2:448825/1‑140 (MQ=255) 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gctgctgcGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTAt < 2:1270479/140‑1 (MQ=255) ctgcGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTAc < 1:1145473/140‑1 (MQ=255) ctgcGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTAc < 1:71272/140‑1 (MQ=255) tgcGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTAcc < 2:544969/140‑1 (MQ=255) gggCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTTGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCgggt > 1:1493166/1‑138 (MQ=255) gctgCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTaa < 1:1237439/140‑1 (MQ=255) gctgCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGGATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTTGCTATACGTTAATTTCGATTAAAACGGTATTTATTGGGGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGGTTTTTaa > 2:679666/1‑140 (MQ=255) gCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCa < 2:1469813/140‑1 (MQ=255) gg‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATg < 1:637404/140‑1 (MQ=255) cTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAg < 1:1084582/140‑1 (MQ=255) ttAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGtt > 1:453052/1‑140 (MQ=255) aaCGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGc < 1:420204/140‑1 (MQ=255) aCGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCg < 1:843491/140‑1 (MQ=255) gccgcTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGttga > 1:934694/1‑140 (MQ=255) ccgcTGGC‑GGGGATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGGATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGttgat > 1:996893/1‑140 (MQ=255) cTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGttgattga < 2:665071/140‑1 (MQ=255) cTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGttgattga < 1:448825/140‑1 (MQ=255) gTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGCCCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGTTGATTGACGTCGGt < 1:709446/140‑1 (MQ=255) gTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGTTGATTGACGTCGGt < 2:1289419/140‑1 (MQ=255) | CCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGG‑CCTTTAACGCGCCGCTGGC‑GGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGTGTCATTATGTCGACCATTATGTACCGGATTTTTAATCATGAAGTTGCGTTGATTGACGTCGGT > NC_000913/175558‑175832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |