| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BN000925 | 54,833 | Δ1 bp | intergenic (‑32/+127) | kfrB ← / ← kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BN000925 | 54,833 | 0 | C | . | 99.8% | 2076.7 / ‑3.2 | 441 | intergenic (‑32/+127) | kfrB/kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (243/197); minor base T (0/1); total (243/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 444 total aligned reads displayed.
CACCTGTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTCAAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCGGGCGCGTCAAGGTTGTTCCATCTATTTTAGTGAACTGCGTTCGATTTATCAGTTACTTTCCTCCCGCTTTGTGTTTCCTCCCACTCGTTTCCGCGTCTAGCCGACCCCTCAACATAGCGGCCTCTTCTTGGGCTGCCTTTGCCTCTTGCCGCGCTTCGTC > BN000925/54598‑55067 | aaaTGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTc > 2:713146/1‑239 (MQ=255) aTGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTc > 2:735464/1‑237 (MQ=255) aTGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGc > 2:315515/1‑239 (MQ=255) ctgcCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTg > 2:1140671/1‑239 (MQ=255) 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CACCTGTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTCAAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCGGGCGCGTCAAGGTTGTTCCATCTATTTTAGTGAACTGCGTTCGATTTATCAGTTACTTTCCTCCCGCTTTGTGTTTCCTCCCACTCGTTTCCGCGTCTAGCCGACCCCTCAACATAGCGGCCTCTTCTTGGGCTGCCTTTGCCTCTTGCCGCGCTTCGTC > BN000925/54598‑55067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |