Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | BN000925 | 36,655 | A→G | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) |
istA → istA → |
IS21 transposase IS21 transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 36,655 | 0 | A | G | 99.5% | 2551.1 / NA | 638 | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) | istA istA | IS21 transposase IS21 transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (365/270); total (367/271) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 638 total aligned reads displayed.
CCTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTAGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCGGTGGTTGTGTGAAAACGGTGCTGGTTGATAACCAGAAGGCTGCGGTGCTGAAGAATAA > BN000925/36420‑36890 | aTACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGc > 2:982370/1‑239 (MQ=255) aCCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTcc > 2:1187821/1‑240 (MQ=255) ccTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCa > 1:995024/1‑239 (MQ=255) ccTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCa > 2:1201773/1‑239 (MQ=255) cTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGc > 1:14866/1‑240 (MQ=255) tGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGc > 1:664632/1‑239 (MQ=255) aaCCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCAc > 2:18411/1‑239 (MQ=255) 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< 1:1123402/217‑1 (MQ=255) aCCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGa < 2:79669/224‑1 (MQ=255) cccGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCa > 2:950192/1‑220 (MQ=255) ccGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGt < 2:829994/234‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |