Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 4,168,476 | 0 | A | G | 27.6% | 202.5 / 88.1 | 116 | intergenic (+29/‑165) | gltT/rrlB | tRNA‑Glu/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/37); new base G (22/10); total (69/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGATAGAAAGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGAT > NC_000913/4168241‑4168712 | tGATAGAAAGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCtt > 1:453548/1‑240 (MQ=34) tGATAGAAAGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCtt > 1:496750/1‑240 (MQ=34) aaaGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAACGTCACCTGCCTTAatat > 1:364341/1‑239 (MQ=12) aaGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCACCTGCCTTAATAtct < 2:475125/240‑1 (MQ=16) gTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCACCTGCCTTAATATCTCa < 1:185650/240‑1 (MQ=16) tACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTg < 1:288246/240‑1 (MQ=38) gggAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTg > 1:87099/1‑239 (MQ=40) 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> 2:89970/1‑231 (MQ=255) gcgTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACg < 1:717951/218‑1 (MQ=255) aGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCg < 1:472809/240‑1 (MQ=255) aaTTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGc < 1:149493/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |