Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | BN000925 | 31,938 | 0 | C | . | 36.4% | 629.0 / inf | 250 | coding (262/420 nt) | upf31.7 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/95); new base . (36/55); total (100/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.29e-20 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GCGGCCCTGCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCCGC‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGATCTCGCTTGACGATGCGAAGTTCTACTGAGGGGAGGGCGGCGGATGCTGACACGGTTGAAGGGCTTCCTTGCTCGTCGCCGCGAGTTGAAGGAACTGGA > BN000925/31704‑32166 | gcgGCCCTGCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGtgctgctgcgc > 2:24315/1‑235 (MQ=255) gCCCTGCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGtgctgctgcgc > 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gctgctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAgcgc < 2:443960/237‑1 (MQ=255) tCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAgcg < 2:148882/231‑1 (MQ=255) tCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCgg > 2:578681/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |