| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,423,531 | (C)6→7 | pseudogene (187/300 nt) coding (132/186 nt) |
rzpR → rzoR → |
Rac prophage; putative endopeptidase RzpR Rac prophage; putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,423,525 | 1 | . | C | 99.1% | 409.4 / ‑3.4 | 112 | pseudogene (181/300 nt) coding (126/186 nt) | rzpR rzoR | Rac prophage; putative endopeptidase RzpR Rac prophage; putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (51/60); total (52/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGCGACAAAAATGCCAGAGAACTGAAGCTGGCGAACGCGGCAATTACTGAGATGCAGATGCGTCAGCGTGATGTTGCTGCGCTCGATGCAAAATACACGAAGGAGTTAGCTGATGCGAAAGCTGAAAATGATGCTCTGCGTGATGATGTTGCCGCTGGTCGTCGTCGGTTGCACATCAAAGCAGTCTGTCAGTCAGTGCGTGAAGCCACCACCGCCTCCGGCGTGGATAATGCAGCCT‑‑CCCC‑CCGACTGGCAGACACCGCTGAACGGGATTATTTCACCCTCCGGGAACGACTGGTAATGATGCAGGCCCAACTTGAAGGTGCTCAGCAATACATAACCGAGCAGTGTTTAAAGTAAAATCTTAACTACAATATGATTCATTTTGATGATTGTTTCATAAGGAACAGTGAAGTAAGATCTAAGAGGAGTTAAATTTTATACAGTATAATCATAATATTGCAGCAAGGTG > NC_000913/1423288‑1423756 | cgcgACAAAAATGCCAGAGAACTGAAGCTGGCGAACGCGGCAATTACTGAGATGCAGATGCGTCAGCGTGATGTTGCTGCGCTCGATGCAAAATACACGAAGGAGTTAGCTGATGCGAAAGCTGAAAATGATGCTCTGCGTGATGATGTTGCCGCTGGTCGTCGTCGGTTGCACATCAAAGCAGTCTGTCAGTCAGTGCGTGAAGCCACCACCGCCTCCGGCGTGGATAATGCAGCCT‑‑cc > 1:1013535/1‑240 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |