| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,017,429 | (C)6→7 | coding (876/1374 nt) | fliI → | flagellum‑specific ATP synthase FliI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,017,423 | 1 | . | C | 98.7% | 298.6 / ‑3.3 | 78 | coding (870/1374 nt) | fliI | flagellum‑specific ATP synthase FliI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (44/33); total (44/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
GCGCGAAGTAAAAGATTTTATTGAGAACATCCTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCGACTGGCGGAAGCCGGGCACTATCCGGCTAT > NC_000913/2017192‑2017650 | gcgcGAAGTAAAAGATTTTATTGAGAACATCCTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑cccccccg < 2:557730/240‑3 (MQ=255) aaGTAAAAGATTTTATTGAGAACATCCTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGccacc < 2:52263/240‑1 (MQ=255) tttATTGAGAACATCCTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCACCACCAAAGGTTATcc > 2:593933/1‑240 (MQ=255) tGAGAACATCCTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGGTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGt < 1:380277/240‑1 (MQ=255) ccTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGttt > 1:613720/1‑239 (MQ=255) ccTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGttt > 2:32607/1‑239 (MQ=255) ggTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCaa < 1:453019/240‑1 (MQ=255) ggTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCaa < 1:956396/240‑1 (MQ=255) ccGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTTCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGt > 1:818550/1‑223 (MQ=255) ccGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAAtt > 1:1070929/1‑239 (MQ=255) ccGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAAtt > 2:308368/1‑239 (MQ=255) ccGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAAtt > 1:1026980/1‑239 (MQ=255) ccGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTa < 2:900390/240‑1 (MQ=255) aaGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAAtt > 2:218931/1‑236 (MQ=255) aGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCgg > 2:115734/1‑240 (MQ=255) gggCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCgg < 1:162804/239‑1 (MQ=255) ggCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCa < 1:1024079/240‑1 (MQ=255) cGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCAc > 1:938212/1‑239 (MQ=255) tGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTgg > 1:416559/1‑240 (MQ=255) gCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCaa < 2:737260/194‑1 (MQ=255) aGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGt > 2:7835/1‑239 (MQ=255) tggtgATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCCCTGGTCGAGCGTTcc > 2:555165/1‑240 (MQ=255) tggtgATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGcc > 1:310402/1‑240 (MQ=255) ttGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGaaa > 1:640362/1‑239 (MQ=255) ttGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAAt > 1:755353/1‑240 (MQ=255) cGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGc > 1:327397/1‑239 (MQ=255) cTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAc > 2:948216/1‑240 (MQ=255) cTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAc > 1:243888/1‑240 (MQ=255) ccTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 2:1025946/239‑1 (MQ=255) ccTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 2:176973/239‑1 (MQ=255) ccTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 1:115734/239‑1 (MQ=255) gAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGtt < 1:948218/239‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATAc < 1:389889/239‑1 (MQ=255) gTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTg < 1:1066504/240‑1 (MQ=255) ccgccTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTc > 1:887903/1‑240 (MQ=255) tATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGa < 1:621500/240‑1 (MQ=255) aTGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGaa > 1:2612/1‑240 (MQ=255) gCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAgg > 1:260080/1‑240 (MQ=255) gCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATCGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAgg > 1:76470/1‑240 (MQ=255) 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tgtTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTa > 1:43262/1‑169 (MQ=255) tgtTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTa < 2:43262/169‑1 (MQ=255) tgtTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 2:472085/171‑1 (MQ=255) tgtTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATc > 1:265008/1‑240 (MQ=255) ttGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATcc > 1:681551/1‑239 (MQ=255) tGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTc < 1:7835/240‑1 (MQ=255) tGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGa < 2:107510/239‑1 (MQ=255) tGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGa < 1:252152/239‑1 (MQ=255) gATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACg > 2:522399/1‑240 (MQ=255) aTTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACgg > 2:375236/1‑240 (MQ=255) aTTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACgg > 1:97257/1‑240 (MQ=255) aTTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACg < 1:883883/239‑1 (MQ=255) ttATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACgg < 2:2612/239‑1 (MQ=255) tATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGt > 2:45182/1‑239 (MQ=255) ggACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTcaca < 1:308368/240‑1 (MQ=255) cccTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATtgt > 1:75880/1‑239 (MQ=255) ccTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGc > 1:987297/1‑240 (MQ=255) gCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACCTTGTGCTGTCTCg > 2:434303/1‑239 (MQ=255) gCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGc > 1:8059/1‑240 (MQ=255) aCGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACAtt > 2:1056686/1‑225 (MQ=255) cgcgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCGa < 1:361168/239‑1 (MQ=255) gATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACgg < 2:755351/214‑1 (MQ=255) gcTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCg < 2:38510/182‑1 (MQ=255) gCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCg > 2:280834/1‑210 (MQ=255) gCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCGACTGGCGGAAGCCGGGCACTATCCGGCTAt < 2:1073997/240‑1 (MQ=255) cGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCGACTGGCGGAAGCCGGGCACTATCCGGCTAt < 2:1026977/239‑1 (MQ=255) aTTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCGACTGGCGGAAGCCGGGCACTATCCGGCTAt < 2:532161/236‑1 (MQ=255) | GCGCGAAGTAAAAGATTTTATTGAGAACATCCTCGGTGCCGAAGGGCGTGCACGCTCAGTGGTGATTGCCGCTCCGGCGGATGTTTCTCCGCTCCTGCGAATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGATGACCAGCAGGATCCGATTGCCGACTCCGCGCGGGCGATCCTCGACGGTCACATTGTGCTGTCTCGCCGACTGGCGGAAGCCGGGCACTATCCGGCTAT > NC_000913/2017192‑2017650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |