| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BN000925 | 49,066 | T→C | N542S (AAC→AGC) T29A (ACG→GCG) |
traI ← traH ← |
TraI DNA relaxase TraH protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BN000925 | 49,066 | 0 | T | C | 99.7% | 1204.9 / NA | 315 | N542S (AAC→AGC) T29A (ACG→GCG) | traI traH | TraI DNA relaxase TraH protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (148/166); minor base A (0/1); total (148/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
CGTGAGCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGTTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATCGCCGCCGCGATCTCTTCGTCCGTCATTTCGTTCGGGTTGCTCATGTGCTTGCTCCTTCGTCAGTAGTTCTTGACGGCGGCGCTCAAGGGCGGCGTCGTCAAAGGTGATTGCCAGACGGCCAGCGGCGGCCGCCTGCGCGATCCGCTCCTTGAACTCTGCTGTGCCGTTGACGGTGATCCGGTCGCCGAAGCGCT > BN000925/48830‑49300 | cGTGAGCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTg > 1:944135/1‑239 (MQ=255)cGTGAGCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTg > 2:383914/1‑239 (MQ=255) tGAGCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAgg > 2:69925/1‑240 (MQ=255) gAGCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAgg < 2:967634/239‑1 (MQ=255) cgCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGggt < 2:635443/239‑1 (MQ=255) aGCTGGTTCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAgggg > 2:221441/1‑239 (MQ=255) ttCGGCTCCTTGCTGCTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTc > 1:656297/1‑239 (MQ=255) ttGCTGCGCAACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCCCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGc < 2:532241/240‑1 (MQ=255) tgctgcTCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTg > 2:17716/1‑219 (MQ=255) gctgctCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGc < 1:420615/238‑1 (MQ=255) ctCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGtt < 1:233262/223‑1 (MQ=255) ctCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCg > 1:74026/1‑240 (MQ=255) ctCCACGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCg > 1:174038/1‑240 (MQ=255) cGTGACCAGGAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGaa > 2:135859/1‑237 (MQ=255) 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ggAACATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATc > 2:751260/1‑239 (MQ=255) aCATCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATcgcc > 1:30139/1‑239 (MQ=255) tCACGCGGCAATAGCATTTCAGCTCCGCCGGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATcgccgcc > 2:106499/1‑239 (MQ=255) 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< 1:147095/240‑1 (MQ=255) ccgGCGATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATCGCCGCCGCGATCTCTTCGTCCGTCATttcgttcg > 1:98215/1‑240 (MQ=255) gATGCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATCGCCGCCGCGATCTCTTCGTCCGTCATTTCGTTCGGGTTg < 1:204417/240‑1 (MQ=255) gCGAACCACACCGAGTTGGGACAGCGCTCGCAAACGGTTTTGGCTTTGGGGCGGCGGCTTTCGTCCAATGCGTCCAACGTTGGGCTTGCGGAGTGCGACGGTTCCGCCGGCGCTGACGGCGCGAGCGTCCCGTCGGTCGCCGTCGCCGCCTGTGGCGCTGAGGGTGGTTCTGGCTGCGGCAGGTCGAATGCCTCCATCGCCGCCGCGATCTCTTCGTCCGTCATTTCGTTCGGGTTGCt < 1:350490/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |