| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BN000925 | 14,294 | G→C | G82A (GGC→GCC) | tetA → | tetracycline exporter protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BN000925 | 14,294 | 0 | G | C | 99.8% | 1533.8 / ‑4.8 | 397 | G82A (GGC→GCC) | tetA | tetracycline exporter protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (229/167); minor base T (1/0); total (230/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
CCAACATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGGCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTTTCGGGTTCGGGATGGTCGCGGGACCTGTGCTCGGTGGGCTGATGGGCGGTTTCTCCCCCCACG > BN000925/14057‑14530 | aCATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGgccgccgcc > 2:808202/1‑239 (MQ=255) cATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCa < 1:1115673/239‑1 (MQ=255) ccTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGa < 2:97135/240‑1 (MQ=255) gATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTa < 1:402284/240‑1 (MQ=255) aTCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTAc > 2:552499/1‑240 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCa > 2:414729/1‑217 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGc > 2:199370/1‑239 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGc > 1:389505/1‑239 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCg > 1:18758/1‑240 (MQ=255) tGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCcatc > 2:167946/1‑229 (MQ=255) tGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgc > 1:35387/1‑240 (MQ=255) tCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgcg > 2:366999/1‑239 (MQ=255) tCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgcg > 1:458673/1‑239 (MQ=255) tCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgc > 2:1067989/1‑238 (MQ=255) tCGCGCTCGACGCTGTCGGCATAGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgcg > 2:481923/1‑239 (MQ=255) cgcgCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGcc < 2:927241/240‑1 (MQ=255) 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< 2:46845/208‑1 (MQ=255) ccGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATc > 2:720745/1‑240 (MQ=255) ccGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATc > 2:143651/1‑240 (MQ=255) tGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCgg > 1:107416/1‑240 (MQ=255) ttCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACt < 1:83018/146‑1 (MQ=255) ttCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACt > 2:83018/1‑146 (MQ=255) cACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGcc < 1:1035096/240‑1 (MQ=255) cACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGcc < 1:849834/240‑1 (MQ=255) cACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGc < 2:649499/239‑1 (MQ=255) 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2:563077/1‑240 (MQ=255) tGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTgg < 2:1121945/128‑1 (MQ=255) tGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCgg > 2:885356/1‑157 (MQ=255) tGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGcc > 2:839603/1‑185 (MQ=255) tGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAgcgcgc > 2:227670/1‑226 (MQ=255) 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2:439345/1‑199 (MQ=255) ggCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTttcgggttcggg > 2:950135/1‑240 (MQ=255) ggCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTttcgggttcggg < 2:1028972/240‑1 (MQ=255) cgcgcTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGCTCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTTTCGGGTTCGGGAt > 1:951646/1‑240 (MQ=255) 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CCAACATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGGCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTTTCGGGTTCGGGATGGTCGCGGGACCTGTGCTCGGTGGGCTGATGGGCGGTTTCTCCCCCCACG > BN000925/14057‑14530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |