Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 31,938 | 0 | C | . | 36.3% | 756.9 / inf | 311 | coding (262/420 nt) | upf31.7 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/116); new base . (43/70); total (125/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.97e-29 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
CCATCGCGGCCCTGCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCCGC‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGATCTCGCTTGACGATGCGAAGTTCTACTGAGGGGAGGGCGGCGGATGCTGACACGGTTGAAGGGCTTCCTTGCTCGTCGCCGCGAGTTGAAGGAACTGGATGT > BN000925/31699‑32169 | cgcgGCCCTGCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGtgctgctgcgcg < 1:337782/239‑4 (MQ=255) ccGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTAACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGcc < 1:1642715/240‑1 (MQ=255) cGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCt < 2:988807/240‑1 (MQ=255) gcggctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCt < 2:409331/236‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGCACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:969164/240‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 1:1162864/240‑1 (MQ=255) cTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCt < 1:1530080/240‑1 (MQ=255) gTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGtgctgctgcgcgctgg < 2:1494489/219‑8 (MQ=255) tCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTgg < 2:178779/239‑1 (MQ=255) tCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTgg < 1:1501260/239‑1 (MQ=255) gCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCg > 1:308524/1‑240 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATaa > 2:319073/1‑240 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATaa > 2:1168779/1‑240 (MQ=255) aaCATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGcc > 1:980670/1‑207 (MQ=255) aCATCCCCAGGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGcc < 2:1542790/239‑1 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTc > 2:1087970/1‑204 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCa > 2:1111065/1‑239 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCa > 2:230170/1‑239 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCa > 2:1552062/1‑236 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCaa > 1:1560885/1‑240 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCaa > 1:717373/1‑240 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCa > 1:221334/1‑239 (MQ=255) tGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCgg > 1:1319104/1‑240 (MQ=255) ccGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGACATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCa < 1:276576/232‑1 (MQ=255) aCGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAg > 2:786361/1‑231 (MQ=255) aCGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTcc > 2:1474339/1‑240 (MQ=255) cgccCGCTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGt < 2:925515/193‑1 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gCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAgg < 2:1067889/239‑1 (MQ=255) ccAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGAc < 1:1725496/240‑1 (MQ=255) cAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGAc < 2:850905/239‑1 (MQ=255) 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< 2:268530/237‑1 (MQ=255) aCAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGa < 1:1232376/240‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTAGCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGt > 2:1199559/1‑125 (MQ=255) cccTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGgctg > 1:1015823/1‑228 (MQ=255) cccTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGAc > 1:1290575/1‑217 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |