| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 486,184 | IS1 (+) +9 bp | coding (424‑432/648 nt) | acrR → | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 51 (0.680) | 41/432 | 0.7 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 486184 = | 0 (0.000) | coding (424/648 nt) | acrR | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 258675 | NA (NA) | 85 (1.140) | 54/432 | 0.3 | 100% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 486192 | 0 (0.000) | coding (432/648 nt) | acrR | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TGTCAGAATCCAATATTGGTGAACTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGTTAAAACATTGTATTGAAGCGAAAATGTTGCCTGCGGATTTAATGACGCGTCGCGCAGCAATTATTATGCGCGGCTATATTTCCGGCCTGATGGAAAACTGGCTCTTTGCCCCGCAATCTTTTGATCTTAAAAAAGAAGCCCGCGATTACGTTGCCATCTTACTGGAGATGTATCTCCTGTGCCCCACGCTTCGTAATCCTGCCACTAACGAATAACCCTGAATCTGACTCCAGGA > NC_000913/485954‑486428 | ggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGAACAAACGTTAAAACATTGTAtt > 1:449369‑M2/217‑240 (MQ=255) 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1:253802‑M2/1‑183 (MQ=255) ctctCAGTATTAAGAGAGATCTTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAAGGGCGTCGATTATCGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGGTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTACAGAACAAACGggtgatgctgcaaacttaatgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 2:361055‑M2/1‑177 (MQ=255) ctctCAGTATTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 2:44338‑M2/1‑177 (MQ=255) gcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGAACAAACGTTAAAACATTGTATTGAAGCGAAAATGTTGCCTGCGGATTTAATGACGCGTCGCGCAGCAatt > 1:860410‑M2/168‑239 (MQ=255) aGTATTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgttt < 2:8878‑M2/240‑69 (MQ=255) aaGAGAGGTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca > 1:705938‑M2/1‑166 (MQ=255) cagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGAACAAACGTTAAAACATTGTATTGAAGCGAAAATGTTGCCTGCGGATTTAATGACGCGTCGCGCAGCAATTATTATGCGCGGCta < 2:498059‑M2/86‑1 (MQ=255) 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gaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt < 1:546551‑M2/239‑80 (MQ=255) cgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGAACAAACGTTAAAACATTGTATTGAAGCGAAAATGTTGCCTGCGGATTTAATGACGCGTCGCGCAGCAATTATTATGCGCGGCTATAtt > 2:682697‑M2/151‑240 (MQ=255) cgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGAACAAACGTTAAAACATTGTATTGAAGCGAAAATGTTGCCTGCGGATTTAATGACGCGTCGCGCAGCAATTATTATGCGCGGCTATAtt > 1:571804‑M2/151‑240 (MQ=255) tatTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccc < 1:59474‑M2/240‑83 (MQ=255) ttCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagc > 1:705637‑M2/1‑146 (MQ=255) ttCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGATTATATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagc > 2:101428‑M2/1‑146 (MQ=255) ttCTAGAAACCAAGATGACAGAAGAACGGCTTCTATTATTGAATGAGATTAAATTCCACAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGATGTTGTGCAACAGCCACAAGGTAATCTCTGTCTGGAAAGTTATGACCGTATAGAACAAACGggtgttgttgccaactta > 2:476690‑M2/1‑146 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |