Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 31,941 | 0 | C | G | 61.0% | 255.3 / inf | 326 | P89A (CCT→GCT) | upf31.7 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/76); new base G (72/127); total (123/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.68e-37 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCCGC‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGATCTCGCTTGACGATGCGAAGTTCTACTGAGGGGAGGGCGGCGGATGCTGACACGGTTGAAGGGCTTCCTTGCTCGTCGCCGCGAGTTGAAGGAACTGGATG > BN000925/31713‑32168 | gctCGCCCTGTCCGGCTGCGCGCTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCgg > 2:32821/1‑239 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTc < 1:13441/240‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 1:329033/240‑1 (MQ=255) tCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:571138/239‑1 (MQ=255) tCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:113128/239‑1 (MQ=255) ccTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCt < 2:519853/230‑1 (MQ=255) gTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:224215/232‑1 (MQ=255) ccGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTgg < 1:812251/238‑1 (MQ=255) ccGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTgg < 2:83753/238‑1 (MQ=255) ggCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGAc < 2:563123/239‑1 (MQ=255) tgctgAACATTCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCt > 2:462701/1‑213 (MQ=255) ctgAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCt < 2:145890/211‑1 (MQ=255) ccccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCt < 1:610321/203‑1 (MQ=255) ccATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCaa > 2:775224/1‑238 (MQ=255) tGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGc > 2:661309/1‑225 (MQ=255) tGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCgg > 2:238095/1‑240 (MQ=255) aCGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTcc > 1:802691/1‑240 (MQ=255) cccGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGc < 2:359616/240‑1 (MQ=255) ccccGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcg < 1:104877/239‑1 (MQ=255) ccccGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgc < 2:819575/240‑1 (MQ=255) ccgccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCGAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcgc < 1:705808/240‑1 (MQ=255) ccgccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcgc < 2:40706/240‑1 (MQ=255) aTGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGc < 1:393723/240‑1 (MQ=255) aTGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGc < 1:245367/240‑1 (MQ=255) aTGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGc < 1:569857/240‑1 (MQ=255) tGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGc < 2:347810/239‑1 (MQ=255) gCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCa < 1:783967/239‑1 (MQ=255) cTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCAc < 1:738958/239‑1 (MQ=255) cTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCAc < 1:6455/239‑1 (MQ=255) ccGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTg < 1:859770/239‑1 (MQ=255) 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cAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACg < 1:690011/240‑1 (MQ=255) aGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACg < 2:675788/239‑1 (MQ=255) aGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACg < 2:186766/239‑1 (MQ=255) gTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACgt < 1:286687/239‑1 (MQ=255) gcAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGc < 2:301713/177‑1 (MQ=255) cAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTAc > 2:124881/1‑240 (MQ=255) cAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTAc > 2:255401/1‑240 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BN000925/31713‑32168 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |