| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,962,506 | Δ15,997 bp | IS1‑mediated | flhE–flhD | 15 genes flhE, flhA, flhB, cheZ, cheY, cheB, cheR, tap, tar, cheW, cheA, motB, motA, flhC, flhD |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1962506 | 1979128–1978506 | 16001–16623 | 43 [0] | [10] 12 | flhE–[insA‑5] | flhE,flhA,flhB,cheZ,cheY,cheB,cheR,tap,tar,cheW,cheA,motB,motA,flhC,flhD,insB‑5,[insA‑5] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1962505 | 0 (0.000) | 43 (0.890) | 31/426 | 0.5 | 100% | intergenic (+45/+75) | yecT/flhE | protein YecT/flagellar protein |
| ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
AGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTTCAAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAATCAGAATGGCTCTCATGTATGATCATACAGACCAATACGCGAACTCGCCAGTTGCAGCTATACCGTAACTCTGAAGATTTTTATCCAAGCCCTTTGACAAGAGGATAATTCACATCTTTTTGGCATGTTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTG > NC_000913/1962268‑1962744 | aGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTTCAAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAATCAGAATGGCTCTCATGTATGATCATACAGACCAATACGCGAACTCGCCAGTTGCAGCTATACCGTAACTCTGAAGATTTTTATCCAAGCCCTTTGACAAGAGGATAATTCACATCTTTTTGGCATGTTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAAg < 2:351040‑M1/239‑2 (MQ=255) 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AGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTTCAAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAATCAGAATGGCTCTCATGTATGATCATACAGACCAATACGCGAACTCGCCAGTTGCAGCTATACCGTAACTCTGAAGATTTTTATCCAAGCCCTTTGACAAGAGGATAATTCACATCTTTTTGGCATGTTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTG > NC_000913/1962268‑1962744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |