| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BN000925 | 14,294 | G→C | G82A (GGC→GCC) | tetA → | tetracycline exporter protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BN000925 | 14,294 | 0 | G | C | 99.6% | 1003.4 / NA | 257 | G82A (GGC→GCC) | tetA | tetracycline exporter protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/101); minor base T (0/1); total (155/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGGCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTTTCGGGTTCGGGATGGTCGCGGGACCTGTGCTCGGTGGGCTGATGGGCGGTTTCTCCCCC > BN000925/14061‑14526 | cATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCa < 2:377073/239‑1 (MQ=255)cATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCa < 2:241307/239‑1 (MQ=255) tACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACt < 1:199985/239‑1 (MQ=255) cccTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTc > 2:279142/1‑239 (MQ=255) cTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGAc > 1:524339/1‑240 (MQ=255) aTCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTAc > 1:421739/1‑240 (MQ=255) tCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCa < 2:530455/228‑1 (MQ=255) tCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTAc > 2:395977/1‑239 (MQ=255) 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cTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTgg < 1:286640/239‑1 (MQ=255) cTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTgg < 1:461309/239‑1 (MQ=255) tGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTggg < 1:484487/239‑1 (MQ=255) 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cctGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACGGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGcctttccttt < 1:326572/197‑1 (MQ=255) ttCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAg > 2:474954/1‑240 (MQ=255) tCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTgg < 2:499962/180‑1 (MQ=255) tCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCgggg > 2:172759/1‑220 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |