Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | BN000925 | 54,833 | Δ1 bp | intergenic (‑32/+127) | kfrB ← / ← kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 54,833 | 0 | C | . | 99.0% | 919.0 / 0.4 | 205 | intergenic (‑32/+127) | kfrB/kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base . (125/78); total (127/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CCTGTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTCAAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCGGGCGCGTCAAGGTTGTTCCATCTATTTTAGTGAACTGCGTTCGATTTATCAGTTACTTTCCTCCCGCTTTGTGTTTCCTCCCACTCGTTTCCGCGTCTAGCCGACCCCTCAACATAGCGGCCTCTTCTTGGGCTGCCTTTGCCTCTTGCCGCGCTTCGT > BN000925/54600‑55066 | ccTGTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACgt > 2:357017/1‑239 (MQ=255) gcCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGcc > 1:313309/1‑239 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCgg > 2:193383/1‑240 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCgg > 2:268030/1‑240 (MQ=255) ttccagtcctcgcCGTCGAGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAg > 1:72493/12‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |