Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,298,380 | +A | intergenic (‑259/‑218) | adhE ← / → ychE | aldehyde‑alcohol dehydrogenase/putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,298,380 | 1 | . | A | 98.9% | 354.4 / ‑3.5 | 87 | intergenic (‑259/‑218) | adhE/ychE | aldehyde‑alcohol dehydrogenase/putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (46/40); total (47/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TT‑TCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGGTGAAAAATGCTGTCAAAAGGCGTATTGTCAGCGCGTCTTTTCAACCTTATTTATGGCTAACATTATCCGGCTTTTGCTTCGGAGCTAACCGTGATT > NC_000913/1298141‑1298603 | tAAACTTTTTTAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑tt > 2:994616/1‑240 (MQ=255) ttttAGTAAATCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCa > 1:378360/1‑240 (MQ=255) aaTCATCTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCtttt < 1:92464/240‑1 (MQ=255) tcatcTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCg < 1:563168/240‑1 (MQ=255) atcTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCGGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCg < 2:203812/238‑1 (MQ=255) tcTGCTCGAATACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCa < 2:991977/240‑1 (MQ=255) aTACGAGAGTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTa < 1:994619/240‑1 (MQ=255) agagTATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCtttt > 1:985273/1‑221 (MQ=255) ataGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTtaata < 1:611584/240‑1 (MQ=255) taGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATtat > 2:201992/1‑224 (MQ=255) 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1:300758/239‑1 (MQ=255) atTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTtg < 1:627115/239‑1 (MQ=255) ccTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACAtt > 2:48507/1‑240 (MQ=255) tCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATTATTTGGTTGCTACATTAGc > 2:237865/1‑233 (MQ=255) 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aaaGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAag < 2:155175/240‑1 (MQ=255) agagTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAAt > 2:437920/1‑216 (MQ=255) ttAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTag < 2:657782/240‑1 (MQ=255) 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2:365108/1‑222 (MQ=255) ttCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGGTGAAAAATGCTGTCaaaa < 2:381151/199‑1 (MQ=255) cTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGGTGAAAAATGCTGTCAAAAGGCGTATTGTCAGCGCGTCTTTTCAACCTTATTTATGGCTaa > 1:351412/1‑239 (MQ=255) tGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGGTGAAAAATGCTGTCAAAAGGCGTATTGTCAGCGCGTCTTTTCAACCTTATTTATGGCTAACa < 1:179785/240‑1 (MQ=255) gggTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGAAACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGGTGAAAAATGCTGTCAAAAGGCGTATTGTCAGCGCGTCTTTTCAACCTTATTTATGGCTAACa < 1:511952/239‑1 (MQ=255) ggTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGGTGAAAAATGCTGTCAAAAGGCGTATTGTCAGCGCGTCTTTTCAACCTTATTTATGGCTAGCAtt > 1:436066/1‑240 (MQ=255) tGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACCATA‑TCAGCATAGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGATAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGAATGTTTTGCACAACTAGATAACAATAACAAATGATAGAAATTTTAAGTAATTAGGAAGTGaa > 2:695406/1‑175 (MQ=255) tGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACACC‑TTATCAGCATCGCTTTTCGCCATTATAGCTAACAGTTAATAAATTGTAGTATGATTTGGTGGCTACATTAGCATGTTTTGCACAACTAGTTAACAATAACGAATGATAGCAATTTTAAGTAGTTAGGAGTTGaaaa > 2:375583/1‑177 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |