Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | BN000925 | 14,957 | C→G | A303G (GCG→GGG) | tetA → | tetracycline exporter protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 14,957 | 0 | C | G | 99.7% | 1285.1 / NA | 324 | A303G (GCG→GGG) | tetA | tetracycline exporter protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (141/182); minor base A (0/1); total (141/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TGTCGGACAGGTGCCGGCCGCGCTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGCGTTCCCGATCATGGTCCTGCTTGCTTCGGGTGGCATCGGAATGCCGGCGCTGCAAGCAATGTTGTCCAGGCAGGTGGATGAGGAACGTCAGGGGCAGCTGCAAGGCTCACTGGCGGCGCTCACCAGCCTGACCTCGATCGTCGGACCCCTCCTCTTCACGGCGATCTATGCGGCTTCTATAACAACGTGGAACGGGTGGGCATGGATTGCAGGCGCTGCCCTCTACTTGCT > BN000925/14721‑15188 | cGGACAGGTGCCGGCCGCGCTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTccc > 2:484341/1‑240 (MQ=255) cGGACAGGTGCCGGCCGCGCTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTcc < 1:104643/239‑1 (MQ=255) cGGACAGGTGCCGGCCGCGCTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTcc < 1:728510/239‑1 (MQ=255) ccggccgCGCTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGt < 1:591270/239‑1 (MQ=255) ccggccgCGCTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGTc < 2:643394/240‑1 (MQ=255) cgcTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTccc < 2:731879/223‑1 (MQ=255) cgcTTTGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGTCCtgctt > 1:697414/1‑239 (MQ=255) tttGGGTCATTTTCGGCGAGGATCGCTTTCACTGGGACGCGACCACGATCGGCATTTCGCTTGCCGCATTTGGCATTCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGTCCtgcttgct < 1:418404/239‑1 (MQ=255) 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tCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGGTGGATGGGGTTCCCGATCATGGTCCTGCTTGCTTCGGGTGGCATCGGAATGCCGGCGCTGCAAGCAATGTTGTcc > 1:499660/1‑205 (MQ=255) tCTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGTCCTGCTTGCTTCGGGTGGCATCGGAATGCCGGCGCTGCAAGCAATGTTGTCCAGGCAGGTGGATGAGGAACGTCAGGGGc < 1:639170/233‑1 (MQ=255) cTGCATTCACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGTCCTGCTTGCTTCGGGTGGCATCGGAATGCCGGCGCTGCAAGCAATGTTGTCCAGGCAGGTGGATGAGGAACGTCAGGGGCAGCTGCaa > 1:662539/1‑240 (MQ=255) cACTCGCCCAGGCAATGATCACCGGCCCTGTAGCCGCCCGGCTCGGCGAAAGGCGGGCACTCATGCTCGGAATGATTGCCGACGGCACAGGCTACATCCTGCTTGCCTTCGCGACACGGGGATGGATGGGGTTCCCGATCATGGTCCTGCTTGCTTCGGGTGGCATCGGAATGCCGGCGCTGCAAGCAATGTTGTCCAGGCAGGTGGATGAGGAACGTCAGGGGCAGCTGCAAGGCTCAc 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |