Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | BN000925 | 54,833 | Δ1 bp | intergenic (‑32/+127) | kfrB ← / ← kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 54,833 | 0 | C | . | 99.7% | 1822.6 / ‑1.9 | 384 | intergenic (‑32/+127) | kfrB/kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (221/161); minor base A (1/0); total (222/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
GTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTCAAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCGGGCGCGTCAAGGTTGTTCCATCTATTTTAGTGAACTGCGTTCGATTTATCAGTTACTTTCCTCCCGCTTTGTGTTTCCTCCCACTCGTTTCCGCGTCTAGCCGACCCCTCAACATAGCGGCCTCTTCTTGGGCTGCCTTTGCCTCTTGCCGCGCTTCGT > BN000925/54603‑55066 | tAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGt > 2:1445672/1‑239 (MQ=255) gcCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGcc > 2:791122/1‑239 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGcc > 2:740751/1‑238 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCgg > 2:365949/1‑240 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCgg > 1:1398965/1‑240 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGACTCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCgg > 2:666931/1‑240 (MQ=255) cGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTaaa < 1:910126/218‑1 (MQ=255) cGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTaaaaaaaa > 1:979619/1‑240 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |