| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,001,023 | (A)8→7 | coding (1808/2601 nt) | elfC → | putative fimbrial usher protein ElfC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,001,016 | 0 | A | . | 98.8% | 382.7 / ‑3.1 | 86 | coding (1801/2601 nt) | elfC | putative fimbrial usher protein ElfC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (33/52); total (33/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGTAGCGCCAGCATGGATTACAAAGGGGCGTTTGCGGATGCCCGAGTGGGCTACAACTACAGCGATAACGGCAGTCAACAA > NC_000913/1000781‑1001249 | aGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGaaaaa > 2:728948/1‑240 (MQ=255) 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AGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGTAGCGCCAGCATGGATTACAAAGGGGCGTTTGCGGATGCCCGAGTGGGCTACAACTACAGCGATAACGGCAGTCAACAA > NC_000913/1000781‑1001249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |