| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,256,567 | A→G | intergenic (‑101/‑70) | plsB ← / → dgkA | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase/diacylglycerol kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,256,567 | 0 | A | G | 98.6% | 262.1 / ‑3.9 | 73 | intergenic (‑101/‑70) | plsB/dgkA | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase/diacylglycerol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (35/37); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
ACATAATTGGACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGATTACCC > NC_000913/4256340‑4256802 | aCATAATTGGACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGaa > 1:648553/1‑240 (MQ=255) gACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGa > 2:171348/1‑239 (MQ=255) gagGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGTTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTaa < 2:681005/239‑1 (MQ=255) gagGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTaa < 2:623863/239‑1 (MQ=255) agGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACg < 1:333829/240‑1 (MQ=255) 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< 1:18666/240‑1 (MQ=255) tGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTaaa < 2:65989/239‑1 (MQ=255) cTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCaa > 2:323486/1‑240 (MQ=255) tGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATg < 2:148874/240‑1 (MQ=255) 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aTAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 2:147084/240‑1 (MQ=255) aTAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 1:376497/240‑1 (MQ=255) aaaCGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcgcg < 1:558797/240‑1 (MQ=255) aaaCGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcgcg < 2:314900/240‑1 (MQ=255) aTGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCa < 1:731380/240‑1 (MQ=255) aTGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCa < 1:563189/240‑1 (MQ=255) tGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATg > 2:716801/1‑167 (MQ=255) 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< 1:358645/239‑1 (MQ=255) cgGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAgg > 2:684482/1‑240 (MQ=255) gATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCg < 2:232473/240‑1 (MQ=255) aTAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCgg > 1:297196/1‑240 (MQ=255) gCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTAt > 1:37806/1‑240 (MQ=255) aaGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTAttgttg > 2:348151/1‑240 (MQ=255) aGTCATGTGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGCTTCGTGCGGCGCAGCTCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTACACAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACTCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg < 2:301974/240‑1 (MQ=255) aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg > 2:552817/1‑240 (MQ=255) aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg > 2:176173/1‑240 (MQ=255) aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg > 1:207004/1‑240 (MQ=255) aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg > 1:731016/1‑240 (MQ=255) tGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCggtg > 1:316292/1‑240 (MQ=255) gtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCctg < 2:198996/240‑1 (MQ=255) cATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 2:120656/156‑1 (MQ=255) tGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGaa < 1:359512/117‑1 (MQ=255) tGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGaa > 2:359507/1‑117 (MQ=255) cgcgGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGAt > 2:656019/1‑229 (MQ=255) cgcgGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGAt > 1:170538/1‑240 (MQ=255) gcTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTac < 2:522837/35‑1 (MQ=255) gcTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGATTAccc < 1:231595/239‑1 (MQ=255) | ACATAATTGGACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGATTACCC > NC_000913/4256340‑4256802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |