| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 137,824 | A→G | T248A (ACC→GCC) | cueO → | cuprous oxidase/multicopper oxidase with role in copper homeostasis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 137,824 | 0 | A | G | 97.1% | 120.8 / ‑4.8 | 35 | T248A (ACC→GCC) | cueO | cuprous oxidase/multicopper oxidase with role in copper homeostasis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (12/22); total (13/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCACCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCTTTGACCTGGTGACGCTGCCGGTCAGCCAGATGGGGATGGCGATTGCGCCGTTTGATAAGCCTCATCCGGTAATGCGGATTCAGCCGAT > NC_000913/137592‑138047 | aaTGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCg > 1:396287/1‑239 (MQ=255) ccAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGc > 2:690227/1‑240 (MQ=255) aaaCAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCg < 1:341410/240‑1 (MQ=255) ggggTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTAt > 2:704982/1‑239 (MQ=255) tATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGAt > 2:78413/1‑240 (MQ=255) 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1:245061/239‑1 (MQ=255) gATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCg < 1:85289/211‑1 (MQ=255) cGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGc > 2:211133/1‑239 (MQ=255) cGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGc > 1:456084/1‑239 (MQ=255) 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tGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCTTTGACCTGGTGACGCTGCCg < 2:339370/178‑1 (MQ=255) ttCGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCTTTGACCTGGTGACGCTGCCGGTCAGCCAGATGGGGATGGCGATTGCGCCGTTTGATAAGCCTCATCCGGTAATGCGGATTCAGCCGAt < 1:690239/240‑1 (MQ=255) cGCTCAATTTCGCCGCCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCTTTGACCTGGTGACGCTGCCGGTCAGCCAGATGGGGATGGCGATTGCGCCGTTTGATAAGCCTCATCCGGTAATGCGGATTCAGCCGAt < 2:50974/238‑1 (MQ=255) | AATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCACCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCTTTGACCTGGTGACGCTGCCGGTCAGCCAGATGGGGATGGCGATTGCGCCGTTTGATAAGCCTCATCCGGTAATGCGGATTCAGCCGAT > NC_000913/137592‑138047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |