| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BN000925 | 14,294 | G→C | G82A (GGC→GCC) | tetA → | tetracycline exporter protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BN000925 | 14,294 | 0 | G | C | 99.7% | 1392.8 / ‑4.2 | 372 | G82A (GGC→GCC) | tetA | tetracycline exporter protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (212/159); total (212/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
CCAACATACCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGGCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTGGGTTCTCTATATCGGGCGGATCGTGGCCGGCATCACCGGGGCGACTGGGGCGGTAGCCGGCGCTTATATTGCCGATATCACTGATGGCGATGAGCGCGCGCGGCACTTCGGCTTCATGAGCGCCTGTTTCGGGTTCGGGATGGTCGCGGGACCTGTGCTCGGTGGGCTGATGGGCGGTTTCTCCCCCCA > BN000925/14057‑14528 | aCCCCTGATCGTAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTg < 1:488582/239‑1 (MQ=255) 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tAATTCTGAGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGcc < 2:226408/239‑1 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGc > 2:202777/1‑239 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGc > 2:66484/1‑239 (MQ=255) aGCACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCg > 1:201351/1‑240 (MQ=255) aGCACTGT‑‑CGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGa > 1:264801/1‑239 (MQ=255) cACTGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGAc < 2:419784/240‑1 (MQ=255) tGTCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgc > 1:253642/1‑240 (MQ=255) tCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgcgc > 1:5130/1‑240 (MQ=255) tCGCGCTCGACGCTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAgcg > 2:574776/1‑239 (MQ=255) 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cTGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTgg < 1:504012/239‑1 (MQ=255) tGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTggg < 2:128857/239‑1 (MQ=255) tGTCGGCATCGGCCTGATTATGCCGGTGCTGCCGGGCCTCCTGCGCGATCTGGTTCACTCGAACGACGTCACCGCCCACTATGGCATTCTGCTGGCGCTGTATGCGTTGGTGCAATTTGCCTGCGCACCTGTGCTGGGCGCGCTGTCGGATCGTTTCGGGCGGCGGCCAATCTTGCTCGTCTCGCTGGCCGCCGCCACTGTCGACTACGCCATCATGGCGACAGCGCCTTTCCTTTggg < 1:438734/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |