Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | BN000925 | 36,655 | A→G | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) |
istA → istA → |
IS21 transposase IS21 transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | BN000925 | 36,655 | 0 | A | G | 99.7% | 1545.6 / ‑5.7 | 390 | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) | istA istA | IS21 transposase IS21 transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (239/150); total (240/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
CCTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTAGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCGGTGGTTGTGTGAAAACGGTGCTGGTTGATAACCAGAAGGCTGCGGTGCTGAAGAATA > BN000925/36420‑36889 | ccTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATa > 2:1026911/1‑240 (MQ=255) ccTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATAc > 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tGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGc > 1:1050689/1‑239 (MQ=255) gccagAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTgggg < 1:483807/239‑1 (MQ=255) agAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGa < 1:324458/239‑1 (MQ=255) 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< 2:1139014/240‑1 (MQ=255) cAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCGGTGGTTGTGTGAAAACGGTGCTGGTTGAt < 1:1012330/239‑1 (MQ=255) aGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCGGTGGTTGTGTGAAAACGGTGCTGGTTGATAACCAg < 1:216630/240‑1 (MQ=255) gAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCgg < 1:614866/205‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |