| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 34,120 | (T)9→8 | intergenic (+82/‑180) | carB → / → caiF | carbamoyl phosphate synthetase subunit beta/DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 34,112 | 0 | T | . | 99.3% | 693.7 / ‑3.2 | 150 | intergenic (+74/‑188) | carB/caiF | carbamoyl phosphate synthetase subunit beta/DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (82/67); total (82/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCG > NC_000913/33876‑34345 | cgtGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGttttt > 1:1345510/1‑240 (MQ=255) aaGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCAt < 1:433753/239‑1 (MQ=255) tCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCAt < 2:653312/234‑1 (MQ=255) cccGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATCTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTATTACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTaa < 1:726433/240‑1 (MQ=255) ccGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTaaa > 1:1554169/1‑240 (MQ=255) ccGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTaaa > 1:1291240/1‑240 (MQ=255) ttCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTaa > 2:1384231/1‑231 (MQ=255) ttCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTaa < 1:1384233/231‑1 (MQ=255) cgcTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATAtt > 2:752399/1‑240 (MQ=255) tGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCG‑TTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCg > 2:679575/1‑232 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |