| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,192,161 | T→C | intergenic (‑222/‑47) | glgS ← / → yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,192,161 | 0 | T | C | 99.5% | 748.3 / NA | 200 | intergenic (‑222/‑47) | glgS/yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (109/90); total (109/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
AGACTATGATCCATAAGCACATCCTCCGGTTATCGCATACCTTTTAAGGCCATATGCTTTTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGTAAGCAAGGAAACTATTACAAAGTAAATATTGCGTCACTAAATGGACATTGGAGTGATATATGATTTTATTCGCCGACTATAACACCCCTTATCTTTTCGCTATTTCCTTTGTACTGTTGATCGGCCTGTTAGAAATTTTTGCGCTTATCTGCGGTCACATGCTCTCCGGTGCTCTTGATGCACATCTTGACCATTATGATTCTATAACCACAGGTCATATTAGCCAGGCACTTCATTATCTCAATAT > NC_000913/3191926‑3192395 | aGACTATGATCCATAAGCACATCCTCCGGTTATCGCATACCTTTTAAGGCCATATGCTTTTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGTAAGCAAGGAAACCATTa < 2:326379/240‑1 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |