| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 93.1% | 186.8 / 5.9 | 59 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (36/18); total (39/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
TATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCT > NC_000913/1211841‑1212298 | tATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa < 2:12657/240‑1 (MQ=255) aTCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa > 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tGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑CCCC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATg < 1:169201/222‑1 (MQ=255) aTTTTGAATATGAGTATATTA‑‑CCCCACCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:291968/240‑1 (MQ=255) tGAGTATATTAC‑CCCC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAAt < 2:335635/192‑1 (MQ=255) tataTTAC‑CCCC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGAcgaacca > 2:576606/1‑173 (MQ=255) | TATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCT > NC_000913/1211841‑1212298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |