Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | BN000925 | 36,655 | A→G | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) |
istA → istA → |
IS21 transposase IS21 transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 36,655 | 0 | A | G | 99.7% | 1130.0 / NA | 300 | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) | istA istA | IS21 transposase IS21 transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (181/118); minor base T (0/1); total (181/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CCTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTAGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCGGTGGTTGTGTGAAAACGGTGCTGGTTGATAACCAGAAGGCTGCGGTGCTG > BN000925/36420‑36882 | ccTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAGCTCAGCCTGGATa > 2:88687/1‑240 (MQ=255) ccTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAGCTCAGCCTGGATa > 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aaaGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAGCTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTg < 1:71351/231‑1 (MQ=255) gACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAGCTCAGCCTGGATACCAGc < 2:412925/215‑1 (MQ=255) cccGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAGCTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTgggg < 2:7304/229‑1 (MQ=255) cccGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAGCTCAGCCTGGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGc > 1:285693/1‑230 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |