Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 31,939 | 0 | C | G | 60.8% | 290.3 / inf | 372 | P88R (CCG→CGG) ‡ | upf31.7 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/93); new base G (89/137); total (142/230) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-38 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
GCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCCGC‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGATCTCGCTTGACGATGCGAAGTTCTACTGAGGGGAGGGCGGCGGATGCTGACACGGTTGAAGGGCTTCCTTGCTCGTCGCCGCGAGTTGAAGGAACTGGATGT > BN000925/31712‑32169 | gCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAgcg > 2:880660/1‑239 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTc > 2:688532/1‑240 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 1:504203/240‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:920012/240‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGACGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTc < 1:461327/240‑1 (MQ=255) cGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:203066/238‑1 (MQ=255) ggCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGAcc < 1:169928/240‑1 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATaa > 2:1294690/1‑240 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATaa > 1:196806/1‑240 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATa > 2:1447591/1‑239 (MQ=255) cgcACTGCGGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTgg < 2:1382257/231‑1 (MQ=255) 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gccgccCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCa < 1:1351601/239‑1 (MQ=255) cccGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGc < 1:1527069/240‑1 (MQ=255) ttCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGa < 1:479951/239‑1 (MQ=255) 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cgccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcg > 2:413296/1‑236 (MQ=255) ccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGc > 1:1311778/1‑203 (MQ=255) ccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGc < 2:1311776/203‑1 (MQ=255) ccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTc > 2:521529/1‑240 (MQ=255) 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gCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCAc < 1:328796/240‑1 (MQ=255) gCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCAc < 2:257913/240‑1 (MQ=255) gCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCa < 1:845776/239‑1 (MQ=255) cTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGCGCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCAc < 1:1110935/239‑1 (MQ=255) ccGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGa < 1:1447593/240‑1 (MQ=255) gTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAg < 1:1281833/240‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAgg > 2:1059420/1‑239 (MQ=255) ccAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGAc < 1:1005727/240‑1 (MQ=255) ccAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGAc < 1:1226463/240‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |