Predicted mutation | ||||||
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RA | BN000925 | 36,655 | A→G | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) |
istA → istA → |
IS21 transposase IS21 transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 36,655 | 0 | A | G | 99.8% | 2315.1 / NA | 572 | R116G (AGA→GGA) R108G (AGA→GGA) | istA istA | IS21 transposase IS21 transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (339/232); minor base C (0/1); total (339/233) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 572 total aligned reads displayed.
TACCTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTAGATACCAGCTCCAGCACGACTGGGGCGAAGTTGAGGTGGAGGTTGCCGGGCAACGGTGCAAAGTTAACTTTGCGGTTAATACGCTGGGGTTCTCCCGCCGCTTCCATGTCTTCGCCGCACCAAAACAGGATGCTGAGCATACCTACGAATCACTGGTTCGCGCCTTCCGCTACTTCGGTGGTTGTGTGAAAACGGTGCTGGTTGATAACCAGAAGGCTGCGGTGCTGAAGAATAAC > BN000925/36418‑36891 | tACCTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGa > 1:212614/1‑240 (MQ=255) 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ccTCAAATACCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATa > 1:1138373/1‑240 (MQ=255) aCCCTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCAGCTcc > 2:1228153/1‑240 (MQ=255) ccTGAACCGCCAGCCAGAAAGACCCGCCACAAAATGGTTAAGCTGAAACCGTTTATGGATTACATCGACATGCGCCTGGCAGAGAATGTCTGGAATAGTGAGGTTATCTTTGCGGAGATTAAGGCAATGGGTTATACGGGCGGACGTTCCATGCTGCGTTACTACATCCAGCCCAAACGTAAAATGCGTCCGTCAAAAAGAACAGTTCGCTTCGAAACTCAGCCTGGATACCa > 1:245802/1‑233 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |