| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,304,200 | G→T | G123C (GGT→TGT) | oppC → | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,304,200 | 0 | G | T | 99.3% | 562.4 / NA | 138 | G123C (GGT→TGT) | oppC | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (83/54); total (84/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CTGGTGCTGATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCA > NC_000913/1303969‑1304430 | ctggtgctgATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCtt > 1:979419/1‑240 (MQ=255)ctggtgctgATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACAGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCtt > 1:1281704/1‑240 (MQ=255) gATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGtt > 1:836694/1‑239 (MQ=255) gATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGtt > 1:402610/1‑239 (MQ=255) cgcgTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATc > 1:1401255/1‑239 (MQ=255) gcgTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCt < 1:271679/239‑1 (MQ=255) cgTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTgg > 1:1155011/1‑240 (MQ=255) gTTATTTGTAATCCTGGCACGGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCt < 2:1125238/225‑1 (MQ=255) ttATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTggg < 1:1505444/239‑1 (MQ=255) tATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCg < 1:271674/240‑1 (MQ=255) aTTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTggg < 1:69202/237‑1 (MQ=255) aaTCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTAt < 2:1348314/226‑1 (MQ=255) ccTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCAGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTg < 1:1130163/226‑1 (MQ=255) ggCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGAtt < 2:771221/239‑1 (MQ=255) ggCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGAtt < 1:108684/239‑1 (MQ=255) gCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTaaa > 1:671452/1‑231 (MQ=255) gCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCg > 2:549945/1‑240 (MQ=255) aCCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGAtt < 2:894572/236‑1 (MQ=255) aTGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTa > 2:231120/1‑223 (MQ=255) aTGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAat > 2:89057/1‑239 (MQ=255) ttGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTgg > 1:761120/1‑240 (MQ=255) ccTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGaaa > 1:724056/1‑240 (MQ=255) ccTATGACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGaaa > 1:1238649/1‑240 (MQ=255) 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tACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACt > 2:10624/1‑239 (MQ=255) tACTGACTGGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTc > 2:685030/1‑240 (MQ=255) actgGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTcc < 1:1056011/240‑1 (MQ=255) actgGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTcc > 2:317953/1‑240 (MQ=255) actgGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTcc > 1:903009/1‑240 (MQ=255) ctgGGCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTcc < 2:1033477/239‑1 (MQ=255) gCGATGATGTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCAtt > 2:16649/1‑239 (MQ=255) tgTCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGttct > 2:815253/1‑240 (MQ=255) tCCAGCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATTGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGttctt < 1:996914/239‑1 (MQ=255) 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NC_000913/1303969‑1304430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |