| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | NC_000913 | 1,962,854 | Δ15,649 bp | IS1‑mediated | [flhE]–flhD | 15 genes [flhE], flhA, flhB, cheZ, cheY, cheB, cheR, tap, tar, cheW, cheA, motB, motA, flhC, flhD |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | NC_000913 | 1962854 | 1979125–1978505 | 15652–16272 | 103 [0] | [34] 35 | [flhE]–[insA‑5] | [flhE],flhA,flhB,cheZ,cheY,cheB,cheR,tap,tar,cheW,cheA,motB,motA,flhC,flhD,insB‑5,[insA‑5] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1962853 | 0 (0.000) | 102 (0.990) | 71/426 | 0.2 | 100% | coding (120/393 nt) | flhE | flagellar protein |
| ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAGCGAACCCGCAGTCCTGAAGGTGTCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTAGAAAGAGGCGCAGACGACATCGACTCACCGCGATGATTTAGCGTAATTCCTACACTACTTGCCTGCCACATCCCCTCCCCGGCGGCTTGCACCAGCAGCGGAAACAATAATATTGCTAATAAGGTTCTCATTATTTGCCGCCAATTGTCGCCGTCATGCGGATATGTCGGTTATCAGACAGTTCCAGATTCGACAGGACCACTAACTGCGGCAAGCTGCGGCGCAGGAAGCGAGACAATAATGGTCG > NC_000913/1962615‑1963088 | ccTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAGCGAACCCGCAGTCCTGAAGGTGTCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTAGAAAGAGGCGCa < 2:245518/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |