| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BN000925 | 54,833 | Δ1 bp | intergenic (‑32/+127) | kfrB ← / ← kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BN000925 | 54,833 | 0 | C | . | 99.8% | 2273.6 / ‑3.3 | 490 | intergenic (‑32/+127) | kfrB/kfrA | KfrB protein/KfrA coiled‑coil protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (295/193); total (296/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 492 total aligned reads displayed.
CCTGTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTCAAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCGGGCGCGTCAAGGTTGTTCCATCTATTTTAGTGAACTGCGTTCGATTTATCAGTTACTTTCCTCCCGCTTTGTGTTTCCTCCCACTCGTTTCCGCGTCTAGCCGACCCCTCAACATAGCGGCCTCTTCTTGGGCTGCCTTTGCCTCTTGCCGCGCTTCGTC > BN000925/54600‑55067 | tAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGt > 1:1162273/1‑239 (MQ=255) aaTGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCg > 1:1251759/1‑239 (MQ=255) aTGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCTCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCt > 1:1206134/1‑240 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTg > 1:831894/1‑228 (MQ=255) ccGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCgg > 2:1003963/1‑240 (MQ=255) gACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGcc > 1:1234076/1‑239 (MQ=255) cgtcgtGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGt < 1:323371/240‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCt < 2:1052498/232‑1 (MQ=255) gCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTCCCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGTCTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTcc < 1:144744/233‑1 (MQ=255) tttGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTT‑AAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCggg < 1:172431/240‑1 (MQ=255) 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CCTGTTGGTAAATGCTGCCGCTATCTGCGTGGACGATGCTGCCGTCGTGGCGCTGCGACTTATCGGCCTTTTGGGCCATATAGATGTTGTAAATGCCAGGTTTCAGGGCCCCGGCTTTATCTACCTTCTGGTTCGTCCATGCGCCTTGGTTCTCGGTCTGGACAATTCTTTGCCCATTCATGACCAGGAGGCGGTGTTTCATTGGGTGACTCCTGACGGTTGCCTCTGGTGTTCAAACGTGTCCTGGTCGCTTGCCGGCTAAAAAAAAGCCGACCTCGGCAGTTCGAGGCCGGCTTTCCCTAGAGCCGGGCGCGTCAAGGTTGTTCCATCTATTTTAGTGAACTGCGTTCGATTTATCAGTTACTTTCCTCCCGCTTTGTGTTTCCTCCCACTCGTTTCCGCGTCTAGCCGACCCCTCAACATAGCGGCCTCTTCTTGGGCTGCCTTTGCCTCTTGCCGCGCTTCGTC > BN000925/54600‑55067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |