Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BN000925 | 31,940 | 0 | G | C | 64.2% | 524.7 / inf | 493 | P88P (CCG→CCC) ‡ | upf31.7 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/116); new base C (120/196); total (180/313) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 493 total aligned reads displayed.
CCTGCCGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑CGC‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGATCTCGCTTGACGATGCGAAGTTCTACTGAGGGGAGGGCGGCGGATGCTGACACGGTTGAAGGGCTTCCTTGCTCGTCGCCGCGAGTTGAAGGAACTGGATG > BN000925/31709‑32168 | cGCTGCTCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCt < 1:900304/240‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:279350/240‑1 (MQ=255) ctCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTc < 1:961105/240‑1 (MQ=255) tCGCCCTGTCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTc < 2:138164/239‑1 (MQ=255) tCCGGCTGCGCACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTgg < 1:465397/239‑1 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATaa > 2:55666/1‑240 (MQ=255) cgcACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGCGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCg > 2:182913/1‑236 (MQ=255) cACTGCTGAACATCCCCATGCCGACGCCGCCCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATg > 2:484908/1‑225 (MQ=255) 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cgccCGGTTCGACCCCGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGt < 2:436928/232‑1 (MQ=255) ccccGCCGGATATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgc < 1:538341/240‑1 (MQ=255) cccGCCGGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACTCTGTTCGGGCAACGGAGATGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTGAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGCCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcg < 2:529140/240‑1 (MQ=255) ccgccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcgc < 2:596143/240‑1 (MQ=255) ccgccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcgc < 1:336831/240‑1 (MQ=255) ccgccgGAAATGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCGGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcgc < 2:757038/240‑1 (MQ=255) aTGCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGc < 1:1088717/240‑1 (MQ=255) gCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCa < 2:1209376/239‑1 (MQ=255) gCTGACCGTGCCAGTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCa < 2:1069904/239‑1 (MQ=255) 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gTGGCGCAAATCTGCCGCGGCGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACg < 2:1198273/238‑1 (MQ=255) gTGGCGCAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCGGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCAc < 2:579338/227‑1 (MQ=255) gcAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcg < 2:115404/208‑1 (MQ=255) cAAATCTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCAACCGcc > 2:205230/1‑199 (MQ=255) 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aagcTGCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCa < 2:650557/215‑1 (MQ=255) gCCGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCAt < 1:949720/239‑1 (MQ=255) ccGCGACGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATaa > 2:1097985/1‑240 (MQ=255) aCGCTGACAAGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCAcgcgc < 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aaGAACCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTG‑‑CGCGCTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGAt < 2:246626/239‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACgg > 2:262573/1‑227 (MQ=255) ccTGTTCGGGCAACGGAGCTGTACGGCAAGAAAGGGTTGTCGGCCACCGGCAAGGTGCAGGTGATTTCCGAAGGCTTCAAGCCTCGCTATCGGGTGCTGCTGC‑GCG‑CTGGCAGCGCCTCGGTCCATGCTGGGACCGATAACCAGCTCGCCATCAAGTCGGTTTCCACCGGCCAGACCACGCGCGTCACTGGCACCGTGAAGGACGTGTCCTACGACCATAACGGCTGCTCGAtc < 1:231160/234‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |